El templo primitivo se construyó sobre un Teocalli alrededor del año 1535. En 1538 se decidió dejar el convento como visita por falta de frailes, pero los indios no lo permitieron. La iglesia definitiva fue hecha por Fray Francisco de Soto, guardián entre 1535 y 1546. En ella trabajó como peón Fray Juan de Gaona. Para 1552 la portada de la iglesia amenazaba colapso y fue reconstruida, concluyéndose los trabajos -como aparece en la misma portada- en el año 1590. La torre data de 1716 y el reloj fue integrado en 1872. Fué declarado monumento el 28 de enero de 1932.
Como datos complementarios sobre el convento del mismo nombre y anexo al templo, podemos decir que fue el quinto convento fundado por los franciscanos de la Nueva España, en 1535. El primer claustro se inició en 1576 según una inscripción en náhuatl y se encontraba en obras para 1581 y 1585. El segundo fue probablemente trazado y dirigido por el guardián Toribio de Alcaráz y terminado por Fray Francisco de Gamboa, en 1604. Un conjunto de celdas se terminó en 1700. Funcionó como guardianía, noviciado, escuela de artes y teolgía. Fue secularizado el 20 de abril de 1786.
