Fue edificado en el sitio en que se ubicó la capilla de Nuestra Señora de Aránzazu, una de las capillas que se encontraban en el Convento Grande de San Francisco de México, misma que fue construida a expensas de Navarros y Vizcainos en 1683. A raíz de las Leyes de Reformas fue cerrada al culto, siendo ocupada temporalmente por una cobrería hasta 1886, año en que el arzobispo de México bendijo la primera piedra del actual templo, erigido al protomártir mexicano San Felipe de Jesús. La obra fue realizada bajo el proyecto y dirección del arquitecto Emilio Dondé: Fue concluida y consagrada en 1897.
