El conjunto conventual esta formado por un atrio grande con 2 accesos; lateral sobre la calle principal y el de frente al templo, en la plaza del pueblo.
En el interior del atrio, sobre las 4 esquinas se localizan capillas posa, 3 de las cuales estan practicamente en ruinas y la cuarta en mejores condiciones, que funciona como acceso lateral al claustro. Del lado derecho de la fachada, tambien en ruinas, lo que posiblemente fue la capilla abierta. Hacia el lado norte, en la parte posterior del templo quedaba la huerta, espacio que como la mayoria de los conventos ha sido invadido. El claustro, actualmente esta ocupado por el centro I.N.A.H. Morelos donde tiene un banco de documentación historica.
En la fachada principal, se encuentran restos de la capilla de indios conforme, a la codificación del cardenal Borromeo, las 2 torres de factura diversa que sobresalen del paramento y la porteria del claustro a la izquierda. La portada de la iglesia de este convento del siglo XVI es de estilo plateresco con combinación de elementos renacentistas y goticos.
Las torres, aunque diferentes en su acabado superficial, tienen similitud en la forma ya que se integran cada una de 2 cuerpos y remate superior con cupulin y cruz de diferente manufactura.
El pueblo de Tepoztlan fue uno de los 5 Tlatocayotl de la región que Hernán Cortés recibe como merced, por lo que debio estar incluido en la campaña de evangelización de los franciscanos de Cuauhnahuac en la región, como lo menciona el cronista Mendieta. La tradición dice que la primera iglesia fue Teopanco, donde se encontraron cimientos de un monasterio, y que la misión fue cedida posteriormente a los dominicos que construyeron el actual monasterio en un sitio donde estaba una capilla de indios, en la parte posterior de la nave principal.
Existen varias tradiciones: como la del Señor de Tepoztlán, la de Quetzalcoatl y otras que son indicativas de la importancia que adquirió en su época esta población. A mitad del siglo XVIII, este monasterio fue secularizado cayendo en el abandono debido al sistema de administración religiosa y/o por los conflictos entre seculares y regulares, despues del Concilio de Trento.
