La Misión de San Francisco de Borja fue fundada en 1755 como visita de la Misión de Santa Gertrudis, y establecida con el propósito de expandir los territorios jesuítas al norte de la península.
El año de 1762 se lleva a cabo la fundación formal de la Misión de San Francisco, dejando de ser visita de la Santa Gertrudis, lo que sería el último establecimiento jesuita antes de su expulsión; es a los padres dominicos Fray Juan María Salgado y Fray Antonio Lázaro, a quienes se les atribuye la construcción actuelmente en ruinas, que por falta de población se abandona en 1818.
Ubicada en una zona alejada del poblado unos 4 kms. en una zona desértica cuya única vegetación se compone de cardones, bisnagas y pitayas, la edificación muestra armonía con la imagen de un edificio antiguo.
La planta del templo es de una sola nave, cubierta por una bóveda de cañon corrido dividida en cinco tramos, el último perteneciente al ábside plano, el cual a cada lado lleva dos habitaciones techadas con cúpula, una de ellas correspondiente a la sacristía. El ábside rectangular tiene un nicho con arco de medio punto sobre el que se alcanza a ver en la parte superior del muro, una corona en bajorrelieve.
Los tramos de la bóveda se destacan con columnas empotradas de fuste cilíndrico tritósito que terminan en una ménsula en la que descansan los arcos fajones; una cornisa perimetral recorre la parte superior de los muros de la nave excluyendo el primer tramo que corresponde al coro, al que se accede a través de una escalera que se encuentra del lado izquierdo de la nave, similar a la de la Misión de San Javier, solo que en ésta misión la escalera sigue ascendiendo para conducir hasta el campanario que nunca llegó a construirse.
La nave recibe el iluminación a través de seis lucarnas abiertas en la bóveda, tres de cada lado al centro de cada tramo y la escalera para acceder al coro, a través de un óculo abierto en el lado izquierdo de la portada.
La fachada principal de la Misión, nos muestra la portada del templo y la parte correspondiente a las habitaciones.
La portada del templo consta de dos cuerpos: el primero esta formado por un vano de acceso con un arco de medio punto decorado, cuya clave carece de ornamentación al igual que las impostas sobre las que descansa el arco flanqueado por jambas ornamentadas con motivos vegetales; dos columnas adosadas al muro enmarcan el acceso, carecen de pedestal y se desplantan de una sencilla basa, llevan fuste cilíndrico, dividido en ocho partes con molduras de diferentes relieves, lo que le da gran movimiento, terminan con una moldura semejante a la del fuste, que se prolonga sobre el vano para formar una cornisa de sección mixtilínea quebrada al centro, que sirve para alojar un escudo, sobre la cornisa y a eje de las columnas se aprecian dos remates bulbosos.
El segundo cuerpo lo constituye la ventana del coro formada por un arco moldurado de sección rebajada que descansa sobre amplias impostas, apoyado en sendas pilastras, compuesto por dovelas sin labrar, con un ligero abocinamiento hacia el interior, carece de jambas que son sustituidas por dos columnas empotradas de fuste cilíndrico, dividido en tres partes con el tratamiento similar al de las columnas que enmarcan el vano del acceso. Un singular altorrelieve hace las veces de pedestal de las columnas que flanquean la ventana coral, bajo ella, enmarcado por parte de estos soportes de las columnillas y sobre el quiebre de la cornisa, se observa un recuadro en el que aparece un ramo de cuatro flores unidas a un solo tallo cruzado por una espada, a la que se le adiciona un segmento horizontal para formar una cruz o cricifijo; al mismo eje del vano de acceso al templo sobre la bentana del coro, aparece otro recuadro con el diseño geométrico de una flor.
La fachada principal de la Misión cuenta además, con la portada correspondiente al acceso a las habitaciones, es de un solo cuerpo, vano rectangular y jambas labradas, con columnas adosadas y seccionadas que se desplantan de un zócalo y terminan en capiteles compuestos, sobre éstos continúan secciones similares a las de las columnas, ya correspondiendo al dintel, sobre él que una cornisa se quiebra al centro de forma similar a la de la portada del templo, en este espacio se aloja el escudo dominico; remata a eje del vano sobre la cornisa una pequeña cruz coronada con una concha y en los extremos sobre los ejes de las columnas unos remates bulbosos, todos en altorrelieve.
La Misión tiene tambíen una portada lateral que comunica la nave del templo hacia el patio interior, es la mas sencilla de las tres, de un solo cuerpo formado por un vano de medio punto de dovelas labradas con decoración vegetal, en el que sobresale la clave por su mayor dimensión, las impostas son sencillas y las jambas continúan con la decoración del arco; en la parte superior del vano de acceso se encuentra una ventana ligeramente abocinada con arco de medio punto y jambas, sin impostas, con un elemento moldurado de una sola pieza a manera de repisón, bajo el que inmediatamente lleva un recuadro semejante al que remata la portada principal, flanquado por dos elementos decorativos similares a partes de columnas candelabro. Se observa sobre la ventana un remate cilíndrico sin ningún tratamiento, enmarcan toda la portada dos pilastras de fuste estríado que se desplantan sobre un alto pedestal.
La construcción de la Misión se inicia cuando el barco empieza a ser sustituido por el neoclásico, sin embargo, su estilo se caracteriza por sus portadas de gran movimiento, con fustes ondulantes, elementos comunes al estilo barroco y sin ningún elemento de estilo clásico.
