La Orden Hospitalaria de San Juan de Dios, se originó en Granada durante el siglo XVI, fue creada por Juan Ciudad Duarte, un hombre que llevó una vida fortuita, fue soldado, pastor, librero, albañil, enfermero, y terminó convirtiéndose en santo, 130 años después de su muerte. El no visualizó fundar una orden religiosa, ésta la crearon sus seguidores basándose en su principio de asistencia corporal y espiritual a los enfermos, la cual obedecía a todo necesitado sin discriminar etnias, enfermedades, clases sociales o religión.
Los juaninos pasaron a la Nueva España a iniciativa del virrey Juan de Mendoza, quien hizo la solicitud al rey Felipe III, firmando la cédula aprobatoria en 1602, tardando más de un año en llegar por las labores presentadas en Cuba y Nicaragua. Al llegar a la capital novohispana, el virrey logró que el presbítero Jusepe López les cediera la administración del hospital de Nuestra Señora |de los desamparados, fundado por su padre, el doctor Pedro López. La institución paso a los juaninos por el legado que se firmó el 25 de febrero de 1604. A partir de ese momento, la ciudad de México se convirtió en el centro de actividades de la orden hospitalaria en el norte de Hispanoamérica y Filipinas.
Existen dos versiones, sobre la fundación del instituto juanino en Puebla: La primera indica que el cabildo angelopolitano cedió a los juaninos un terreno con una ermita en 1629, mientras que la otra indica que en 1626, un vecino de Puebla llamado Antonio Hernández donó a los frailes, un terreno, tres mil pesos y materiales para la construcción de un hospital. Con estas bases fray Domingo de Guerra pidió licencia para la fundación y autorizada por el virrey marqués de Cerralvo el 18 de septiembre de ese año. Sin embargo los jesuitas del Colegio de San Ildefonso se opusieron en 1627, no se sabe por que motivos. A pesar de este inconveniente, tres hermanos de la orden, encabezados por fray Carlos Cíbico de Zepeda abrieron el hospital en 1629, aprovechando la ermita y algunos cuartos ya existentes.
De este modo los juaninos erigieron un primer edificio hospitalario con su templo bajo la advocación de San Bernardo.
Concluida la obra en 1632, la institución quedo bajo la protección del Real Patronato.
Por otra parte se continuo trabajando en la decoración interior de ese primer templo: Lucas Méndez realizo un retablo dedicado a San Carlos en 1634, mientras que otro de la Purísima Concepción pudo haber sido obra del mismo Méndez y José de Cuellar, concluido en 1630.
En 1771, un terremoto destruyó parcialmente al hospital y su templo, incluidos los retablos antes mencionados, el hospital fue reparado rápidamente no así el templo, terminándose hasta 1775. El templo de San Bernardo mostraba una decoración acorde con el ultimo cuarto del siglo XVIII. El altar mayor al estilo churrigueresco aun subsiste.
Un año antes, en 1774, el prior de la congregación en Puebla, fray José Larburu informa sobre el estado de los institutos juaninos en la Nueva España, al visitador real, fray Pedro Rendón, declarando que el instituto poseía bienes que alcanzaban la suma de 32,494 pesos, lo que producía rentas por 1,624 pesos anuales además de los 660 que entraban por limosnas. Entre 1771 y 1774 habían recibido a 1074 enfermos, de los cuales 227 habían fallecido.
Para 1820 las órdenes hospitalarias se suprimieron en España y sus posesiones. Como la Independencia de México se consumo al año siguiente, tanto los juaninos como los hipólitos pudieron parar por alto las disposiciones de Cádiz, pero cuatro décadas más tarde no lograron evitar los efectos de las leyes de Reforma: a partir de 1861, la orden hospitalaria tuvo que abandonar definitivamente su edificio. Ya en 1867, el ex-hospital sirvió como Cárcel Municipal. Luego, en 1801, parte del establecimiento fue demolido y rehabilitado como Palacio Penal.
En 1954 fue declarado Monumento Nacional
El antiguo conjunto hospitalario de San Bernardo, ocupaba anteriormente la cabecera de una manzana contigua a la de la parroquia de San José. El predio del templo se reduce ahora a la esquina que forman 5 de Mayo y 16 Oriente.
El conjunto hospitalario reúne sus espacios abiertos en dos áreas definidas: el atrio del templo -una franja que lo rodea en escuadra y el patrio cuadrangular del ex-hospital.
El atrio se encuentra delimitado por una barda con tres portadas atriales de ingreso, no muy comprensible hoy en día.
El templo en forma de cruz latina se divide en seis tramos: el primero y el último, con el coro y el presbiterio respectivamente son dobles, ya que cada una está cubierto por un par de cortas bóvedas de cañón con lunetos; del segundo al cuarto tramo hay otras tres bóvedas de cañón con lunetos y en el quinto se encuentran el crucero -con arcos torales y pechinas soportado el zócalo octagonal sobre el que se alza la cúpula gallonada, con lucarnas- así como los brazos del transepto, cubierto por cortos cañones con lunetos.
Desde el atrio lateral del templo se ingresa a una pequeña capilla, dedicada a San Judas Tadeo.
