A la llegada de D. Vasco como Obispo de Michoacán fundó su primitiva catedral en la Cd. de Pátzcuaro ante la oposición de indios y españoles. El obispo había recibido instrucciones para fundarla en el lugar que más a propósito le pareciese, por lo que habiendo decidido construírla en Pátzcuaro sobre los cúes indigenas hizo caso omiso a la queja de los indios por haberla quitado de Tzintzuntzan y de los españoles que pugnaban por llevársela a Guayangareo. (Valladolid, después Morelia), tendría que morir el Obispo, para que su sucesor fray Juan de Medina Rincón conforme al decreto de noviembre del año de 1579 la trasladase a éste último sitio. La obra inició con una construcción de adobe que a fines del siglo estaba muy deteriorada ...En 1640 el obispo fray Marcos Ramírez de Prado, a expensas del fondo de fábrica, de las limosnas del vecindario y de algunos auxilios del monarca reinante, dio inicio a obras nuevas... ...El virrey de Mendoza no vió cumplidos sus deseos de que se trasladara a Valladolid la catedral... Sería hasta 1660 que se puso la primera piedra, que sería consagrada por el obispo D. Manuel Escalante Colombres y Mendoza, ...En 1640, se le hizo una reedificación que duró más de veinte años, y fué dedicada el de 1706, antes de que se concluyeran las hermosas torres de setenta varas de altura...; la portada, torres y oficinas, fueron terminadas en 1744 por esfuerzos del Sr. Calatayud y sus dos inmediatos sucesores fecha que puede leerse en la portada. Colocado el templo entre dos plazas, deja percibir su grandeza y adornos... nos dice D. Manuel Rivera Cambas.
Hasta 1746 se concluiría terminándose torres, fachadas y cuadrante. Durante la etapa colonial se enriqueció con bienes y donativos, contando con altares, estofados, platería y reliquias, fué considerada como una de las más prestigiadas de la Nueva España.
El siglo XIX con su tendencia neoclasista, no lo perdonó, la opinión de Rivera Cambas en pro de este estilo nos hace saber el sentir de la gente de esa época, cuando nos habla de su ascendencia barroca: ...El edificio es sólido y trabajado con esmero, pero de poco gusto, sin sujetarse a órden arquitectónico alguno;...
...Su primer titular fué San Francisco de Asís, estableciéndose por bula de julio III como titular la transfiguración del Señor, consagrándose al Salvador del Mundo, a quién fué dedicada la portada principal..."
La fachada de cara al norte al igual que el resto del edificio está trabajada en sillar de cantera de tres tipos distintos: Roja del Rincón para cimientos y pavimentos; rosa y amarilla del Tejocote además de otros materiales intrusivos como piedra gris y ónix en los tableros; el edificio tiene como mezcla tapetate calizo, substituyéndose la cal tan usada en otras regiones.
El estilo de la fachada es de estilo barroco entablerado, con tres accesos en medio punto que definen las tres calles, separadas por gruesos pilares rematados en pináculos con perillón al centro y las dos torres en los extremos. Las dos calles laterales son iguales, variando sólo la temática de los tableros. Estas últimas se dividen en tres cuerpos: en el primero está el acceso de medio punto con pilastras entableradas que soportan un entablamento con frisos y metopas; el segundo presenta los tableros con escenas de la vida de Jesús: La Adoración de los pastores del lado oriente y La Adoracion de los reyes magos al poniente, sobre las cuales vemos óculos ovalados ornamentados por una cresta de medi o punto; el tablero soportado por pilastras separa el tercer cuerpo con recuadros de dintel mixtilíneo que contienen la Tiara y los símbolos pontificios; sobre la cual en círculos vemos los monogramas de José y María. El remate superior es de tablero sobre pilastras que se colocan a eje con las inferiores y culminan con pináculos de perillón y que forma un elegante frontón curvo con una almena en la cumbrera.
En la calle central enmarcada por dos anchos contrafuertes almenados se encuentra el arco de acceso de mayor jerarquía que los laterales, también en medio punto, en ella se flanquean las esculturas de San Pedro y San Pablo sobre nichos con guardamalletas y sobre ellos los medallones de los evangelistas, pilastras tableradas soportan el entablamento con triglifos y metopas en el que se apoya el relieve de la Transfiguración donde Jesús, bajo las imágenes del Padre Eterno y del Espíritu Santo, se rodea de sus profetas, mientras a sus pies duermen los apóstoles que lo acompañaron en el Monte de los Olivos, Pedro, Santiago y Juan. Flanquean la escena las esculturas de San Miguel y San Juan, el bautista, con los evangelistas, enmarcados por medallones.
Pares de pilastras tableradas soportan el amplio friso moldurado que se abre en medio punto para rodear un óculo ovalado en el que se encuentra un busto de Jesús sobre una caja sellada con reliquias, al fondo se observa la ventana en ónix.
El tercer cuerpo contiene al centro, el águila imperial a la que le rasparon la corona, rematada con una cornisa mixtilínea y almenas; a los lados sobre peanas y nichos con venera están Santa Rosa de Lima y Santa Bárbara, el remate superior es de frontón curvo trunco con una almenilla al centro.
Las torres son monumentales, se consideran de las más altas en el país, la del oriente rematada con una cruz de cantera recientemente substituída y la del poniente con una metálica. Desplantan de un amplio basamento con acceso hacia el atrio, conteniendo unas bien hechas escaleras de piedra que se iluminan por vanos rectangulares. Se rompen en dos, mediante una moldura en saledizo que las hace más monumentales, se separan del cuerpo superior por una cornisa tipo entablamento. El primer cuerpo se apoya en una base escalonada que tiene incrustado un reloj de cuyo marco surgen rayos, está compuesto de dobles pilastras de basa y fuste moldurado con guardamalleta bajo los capiteles y en la base que dividen cada paramento en tres calles, las dos laterales con balcones de balaustres de cantera coronados por santos sobre peanas. Al centro está el vano de arco semiexagonal de extradós moldurado y amplio balcon en saledizo. La cornisa que lo remata se rompe en un frontón mixtilíneo con almenas en las esquinas.
El segundo cuerpo es octagonal con vanos de medio punto flanqueado por pilastras y entablamento mixtilíneo se ornamenta con balcón circular volado y medallones sobre la clave. La linternilla sigue el mismo diseño, pero con vanos rectangulares y cupulín de marcadas nervaduras con almenas en cada una de sus aristas.
La fachada norte compuesta de vanos de medio punto con extradós moldurado y jambas tableradas, se flanquea de dobles pilastras de altas basas ornamentadas con guardamalletas y capitel jónico con entablerado de friso dentado.
El segundo cuerpo presenta la imagen guadalupana con sus cuatro apariciones en las esquinas y el Espíritu Santo al centro, bajo un dintel mixtilíneo con pilastras de capitel corintio; sobre el cual vemos el óvalo enmarcado que iluminaba el interior y que se rodea por las molduras del entablamento. En el tercer cuerpo el águila imperial se remata con molduras mixtilíneas, almenas y pináculos.
La fachada sur, es similar pero la temática está dedicada a San José con el niño, de pie sobre el mundo y rodeado de ángeles.
La planta es de tres naves, las dos laterales cubiertas con bóvedas de arista decoradas con guirnaldas y flores pompeyanas; la nave central se peralta, para iluminarse con óvalos laterales, cubriéndose con bóvedas de luneto. Se divide en ocho cuerpos, siendo de mayor tamaño el de los accesos laterales, a los lados se encuentran capillas ocupando los dos primeros cuerpos. Al lado oriente se ubica el cuadrante con el tribunal y la colecturía, así como el chocolatero. Al Sur se encuentra: la sala capitular, la sacristía y el armario, junto con las oficinas de mayordomo principal; al frente, de cara al norte se encuentra un pórtico de arcos en medio punto que comunican a la curia catedralicia.
La curia se plantea alrededor de un patio cuadrado con portal de arcadas, en planta baja están bodegas y cuartos de archivo; en el primer nivel están las oficinas de la curia.
Como todas las catedrales contiene importantes bienes muebles como son: la sillería del coro y el órgano monumental; el ciprés del altar mayor conteniendo el famoso facistol de plata, suple a uno que Rivera Cambas describe como: ...era de órden gótico, muy recargado de adornos;.... El interior de la nave fué despojado de sus altares barrocos en el siglo XIX, Cambas nos describe que era moderno: ...en las naves laterales tiene altares de mejor gusto, construídos por Zapari. Las capillas del frente del Sagrario se deben a la piedad del Sr. Ramírez de Prado. El tabernáculo y todos los altares, se renovaron el año de 1845, con fondos cedidos por el Sr. Dean D. Domingo Garfias y Moreno y con los que ministró el fondo de fábrica; también cooperó... a la construcción del elegante enverjado y preciosas puertas de fierro fundido que decoran el atrio, obra de indisputable mérito y muy buen gusto, salida de la fábrica de San Rafael el año de 1854... La sacristía, muy bien adornada,... posee pinturas de célebre Juárez... antes del 3 de septiembre de 1858... tenía... toda la crujía de plata con adornos y grandes estátuas del mismo metal....
Actualmente el acervo artístico se ve menguado por los constantes saqueos, no obstante, aún es de gran importancia. Series de cuadros de Correa, de Juárez, de Ibarra y otros muchos autores virreinales adornan sus muros.
En años recientes se han realizado diversas intervenciones, poco afortunadas, que presentan los siguintes errores:
-El raspar las puertas quitándole las sucesivas capas de pintura hasta la última (en verde olivo sobre estuco) con lijas y gurbias llevándose parte de la molduración y eliminando el color verde de profundo sentido litúrgico.
-La substitución de la cruz de la torre oriente de cantera por otra del mismo material poroso y frágil que no duró ni siguiera 30 años, lo que nos hace prever su escasa duración futura dado el nivel de contaminación del aire.
-El cupulín de la torre oriente presentaba textos al exterior y un grafiti con una virgen en el interior, que fueron raspados y eliminados.
-Las portadas presentaban pintura de fondo al temple sombreadas en los cuadros y lisa en los paramentos. La fachada de San José fué repintada en tono rojizo, parejo, sumamente notorio.
El rest o de la obra, permitió consolidar el edificio con bastante acierto.
