El año de 1579 siguiendo las instrucciones del rey de España Felipe II, se ordenó la descripción general del vasto imperio en América, en la que se incluyeron todos los pueblos, provincias y naciones que conformaban su reino; en esta relación no aparece el pueblo de Santo Tomás, pero en el registro de Plancarte hecho solamente diez años después (1589) ya se le incluye, lo que nos inclina a pensar que se hizo entre las dos fechas de referencia.
En la relación del Obispado, hecha por Cordillera en 1680 se le atribuyen al poblado veintitrés vecinos casados, dos viudos y trece niños.
El Alcalde Mayor D. Antonio de Lasso, delimita los linderos del pueblo como fundo legal: "...De Oriente a Pte con las tierras de San Pedro Zopoco y de S Fco. de Acachuén; de Sur a Norte con terrenos de Sta. Cruz Tanaco en la falda del cerro viejo...".
El conjunto se compone de atrio, anexo, campanario, se ubica frente a una plaza que anteriormente constituía el lugar donde se encontraba la capilla del hospital hoy demolida.
En sólo una década hemos visto transformarse radicalmente la imagen urbana del poblado al construirse una plaza cívica con un Kiosco al que se ingresa mediante una amplia escalinata de concreto, en el sitio que antes contenía las ruinas del hospital y terreno abrupto y cubierto de vegetación separándose de la iglesia mediante una barda de adobe que se adosaba a la torre exenta del mismo material.
El atrio se delimita por bardas de adobe en los laterales y por un murete de piedra volcánica gusaneada en cemento blanco. El espacio es amplio y salvo unos cuantos pinos, carece de vegetación a pesar de encontrarse en un lugar de clima fresco y buena tierra de cultivo.
La fachada es casi cuadrada muestra una sencilla porta compuesta por dos amplias jambas lisas, monolíticas, de basa y capitel de influencia toscana y evidente mano indígena que soportan un extenso alfiz orlado con primitivas molduras sobrepuestas dentadas por el interior, que se repiten sobre el extradós del arco de medio punto construido de grandes dovelas que constituye la entrada.
La manufactura del arco es también de mano indígena, lo que se evidencia en el corte irregular de las dovelas carentes de clave y las tallas de gran primitivismo de la parte superior del alfiz donde vemos tres elementos difíciles de descifrar, pero que uno parece ser la tiara papal de tres coronas, y otro un angelito de alas irregulares.
Sobre dicho alfiz se conserva la ventana de medio punto con diseño similar al arco de acceso, notamos alteraciones en el aplanado del muro que nos indican la posible presencia de otro alfiz ya inexistente; el paño está enjarrado y pintado a la cal en tonos almagre. Es sin lugar a dudas la portada más antigua de la cañada de los once pueblos a excepción del hospital de Chilchota. El remate del frontispicio es mixtilíneo y de reciente factura, desagradablemente sobre la proporcionada fachada, ya que es de otro material y está pintado en blanco.
La puerta principal, posiblemente date del siglo pasado, sus goznes de capuchón seguramente fueron reutilizado de un portón más antiguo; se conforma de tableros con tallas de azucenas en alusión al culto mariano y están pintadas en azul añil sobre una ligera capa de estuco blanco.
La torre es la única que se conserva exenta en toda la cañada, está construida en adobe y aplanada con mezcla de cemento; es de un sólo cuerpo cuadrado que se abre en cuatro vanos de arco rebajado en donde se ubican las campanas. Originalmente se cubría con techumbre de teja sobre vigas de madera, elemento éste último que ha sido substituido por losa de concreto apoyada sobre un tramo de tabique aparente con que se enrasó la parte alta de la torre.
La nave es de un sólo cuerpo de planta rectangular iluminada en la parte del presbiterio por dos amplias ventanas metálicas de medio punto; el interior está enjarrado y pintado, mientras el interior muestra el adobe aparente.
El altar data del siglo XIX y es de mala factura, se adapta de mala manera al muro testero en el que se conserva la decoración a base de cortinajes realizada al temple, que se interrumpe al contactarse con el paño del retablo. Se conforma de tres calles separadas por columnas con capitel de imitación corintia, en las calles se encuentran dos nichos de arco rebajado desplantados de repisa en ménsula sobre pinjante y flanqueado por columnillas que soportan un frontón triangular sobre entablamento moldurado.
Al centro en un fanal se encuentra el Patrón del Templo y el lienzo Guadalupano en un segundo nivel sobre el que entronca el frontón mixtilíneo coronado en sus extremos por almenas.
La cubierta es de vigas de madera que soportan tablones encalados que fungen como techumbre plana interior, sobre la que desplanta la armadura de tijera a dos aguas con cubierta de fajilla y teja al exterior.
El anexo o casa cural se encuentra ocupado por la Escuela Rural Federal Tlillacapatzin, a la que se le cedió por decreto a la Secretaría de Educación Pública el 19 de junio de 1933.
