Ichan es uno de los once pueblos que se encuentran a lo largo de una cañada, cuya cabecera es Chilchota. La Relación Geográfica del siglo XVI escrita en 1579 nos dice que es uno de sus sujetos "...Ichan quiere decir su tierra; [literalmente, su casa de él] por otro nombre se llama San Fran[cis]co. Es sujeto de Chilchota. Su ubicación igual que la de las demás poblaciones de la cañada surgió de las políticas de congregaciones de indios de la corona española que obligó a la reagrupación de los poblados ubicados en los cerros buscando protegerse de los grupos no tarascos a la ribera del río. A principios del s. XVII, todos los pueblos de la cañada se encontraban ubicados en su situación actual...".
La misma crónica nos dice: "...Sujeto Ichan. Ichan está junto a Tocuro, en la propia tierra y asiento; beben de pozos; tendrá como cuarenta vecinos. Viven a la usanza de los demás..." o sea, con casas de techo de paja en las que se agrupaba más de una familia, trabajaban seguramente alquilándose en las minas..." "... todo lo q[ue] siembran, así frutales de Castilla como de la tierra,... se dan muy bien. Tienen su iglesia y su hospital. Hablan una [misma] lengua y visten un [mismo] traje; duermen en el suelo como los demás. P[edr]o de Villela., ante mí: Fran[cis]co Gorjón Toscano., escrib[an]o...".
La cédula de identificación de Hacienda del 25 de abril de 1910 describe la nave como de: "...29 m. de longitud por 12 de latitud... [es] una anexidad compuesta de 6 departamentos... [valuada] en mil pesos...". En 1923 definen el conjunto como "... templo - 200 m2; atrio 325 m2 y casa cural 80 m2...".
Durante el litigio agrario que asoló la región, la autoridad municipal toma posesión del inmueble sin que esto sea aprobado por Bienes Nacionales, en 1932 fue clausurado al culto público "...por no haber sacerdote..." quedando la vigilancia de una Junta Vecinal. Este problema fue generado por el Artículo 13 de la Ley No. 100 del 12 de mayo de 1932 que fijó el número de ministros que podían ejercer en el estado.
Los anexos entran en litigio y son solicitados para carpintería y por último para escuela siendo cedida a la Secretaría de Educación Pública.
El mismo año de 1932 el informe de Hacienda aclara que fue cerrado por el líder Abraham Gerónimo alegando "...que no existía sacerdote que lo atendiera, abriéndose al culto poco después por gestiones hechas por los vecinos... [que]... se quejan [diciendo] que cuando les cerraron el templo los elementos radicales, fue quemada por los mismos la Virgen de Lourdes que existía en la capilla del hospital, destruida la cruz de la misión y robada la chapa de la Iglesia Grande...".
En 1954 la comunidad agraria demuele las bardas del atrio para la "...plaza para el pueblo, así como una calle adyacente y un corto tramo de brecha que partirá hacia la plaza; cuyos trabajos han sido comendados y dirigidos por trabajadores de la cuenca del Tepalcatepec..." así mismo se liberó el panteón para desocupar el espacio atrial.
En la época actual, el antiguo conjunto de templo y hospital se ha reducido a una sola iglesia. El atrio original, amplio y cuadrado ha perdido gran parte de su superficie, cediéndola para plaza cívica, ésta última pavimentada en recuadros de concreto, y al igual que el atrio carente de vegetación. La barda actual que lo limita con una reja metálica en la parte superior cortada en tramos por almenas de concreto enmarca la entrada con un arco de concreto de medio punto ornamentado con cuatro grandes pi edras talladas con veneras que deben provenir de la fachada original. El muro está aplanado y pintado en blanco, tiene un acceso más en la esquina en forma de pancoupé.
La fachada es de un sólo paño cuadrado y liso, rematado por un frontón mixtilíneo que tiene al centro un óculo tapiado y una sencilla cornisa de remate. La portada está frente a dos escalones semicirculares que abarcan el acceso de arco de medio punto con dovelas irregulares apoyado sobre jambas lisas de basa y capitel toscano, se enmarca por un alfiz de moldura perimetral, disfrazado por dos columnillas anástilas en forma de almenas que desvirtúan el sobrio diseño original, separada por el liso muro vemos la ventana del coro, desplantada sobre un simple repisón y terminada en arco de ojiva, con derrame abocinado. El paramento está encalado con guardapolvo almagre contrastando fuertemente con la torre de piedra y tabique que se ubica en la esquina nor-poniente de la nave alineándose al paño de la fachada.
La torre es de piedra volcánica de sillarejo irregular y juntas encaladas, está conformada por dos cuerpos apoyados sobre un basamento cúbico partido a la mitad por una cornisa, la puerta da hacia el atrio y como único elemento adicional está una pequeña ventana en la parte central de la sección superior. A través de la cornisa moldurada se separan los cuerpos superiores, de tabique aparente y reciente construcción; el primero cuadrado con vanos pares en cada cara, y el segundo octagonal más achaparrado con claros similares en cada uno de los paños, con un reloj en cuatro de ellas, el cupulín de remate se divide en gajos forrados de azulejos naranjas y negros de material corriente.
La nave es de un solo cuerpo de ábside plano, dos pilastras sobrepuestas apoyan un arco escarzano que sirve para delimitar el presbiterio que a su vez se separa del resto de la nave mediante una magnífica reja de fierro fundido que sirve de comulgatorio.
Los muros son de adobe y se horadan en el presbiterio por dos grandes ventanas con marcos de cantera de diseño ecléctico que se extienden para encuadrar dos accesos laterales, el del lado derecho comunica a la sacristía.
El cuerpo de la nave es liso con los muros de adobe aplanados y encalados al interior y aparentes al exterior; en el testero se ubica el altar de regular factura y ascendencia neoclásica, de dos cuerpos, el inferior con calles laterales separadas por capiteles compuestos que albergan a José y María, en la central está el ciprés con la Eucaristía. En la parte superior de una sola calle contiene al patrón San Francisco con la calavera en la mano.
Se conserva en el interior imágenes de calidad y manufactura indígena que nos recuerdan la antigüedad de la fundación del templo. Carece de coro, pero colocado sobre un basamento de tabique se conserva un órgano de diseño gotizante de buena calidad.
La cubierta por el interior es plana de vigas con capa de tejamanil, sobre las que desplanta la estructura de tijera y triángulo, cubierta con teja sobre fajilla de madera.
