La Relación Geográfica del siglo XVI, enumera a San Juan Carapan como "...sujeto de Chilchota; quiere decir, en castellano, "cosa encaramada", "arriba o en alto"... Llámase, por otro nombre San Ju[an]...". Se encuentra al principio de la cañada de los once pueblos que determina geográficamente la depresión natural del río junto al cual se alinean los poblados "...hace este río, en un sujeto [de Chilchota] que se llama Carapa... los naturales se aprovechan mucho de él, ...y riegan mucha tierra adonde cogen mucho trigo y maíz y otras semillas y legumbres de riego..." y agrega "...Carapa es un pu[ebl]o, sujeto de Chilchota...
...En este pu[ebl]o de Carapa se coge cantidad de trigo de riego. Es pueblo de más de ciento cinc[uen]ta vecinos; tienen muchos frutales, de los de la tierra y de Castilla, ya nombrados. Tienen el monte en casa, junto a las puertas; tienen su iglesia y hospital.
...Conquistándolos el que conquistó la cabecera. P[edr]o de Villela. Ante mí: Fran[cis]co Gorjón Toscano, escrib[an]o...". En la misma crónica refiriéndose a la cabecera, Chilchota, se atribuye al capitán de Cortés Cristóbal de Olid, el acuerdo pacífico de paz hacia los españoles; este personaje fue representante de Cortés en el curso del año de 1522.
La crónica del Obispado de 1765 describe que el curato de Chilchota inicia en este pueblo "... la Cuaresma se empieza a confesar la gente por el pueblo de Carapan, desde donde se trae en debida procesión a su Divina Majestad, de pueblo a pueblo, hasta llegar a éste [Chilchota]...".
San Juan Carapan es un poblado reciente, debido a un asentamiento irregular originado en los años treintas, sobre terrenos pertenecientes a Carapan. Su estatuto legal no se ha definido aún, en tiempos de la conquista se estableció en el sitio una Alcaldía Mayor y un Corregimiento Tributario constituyéndose como República de Indios, creándose la municipalidad en 1813.
El códice Carapan señala un antiguo poblamiento de indios a principios del siglo XV, provenientes de la meseta que ocuparon las tierras alrededor del río. La descripción que hace Moisés Sáenz lo describe como uno de los pueblos indígenas de rasgos más enérgicos y el más grande de ochocientos habitantes; dice también que "... en el centro del pueblo está la plaza, desnuda, con calles al poniente donde quedan la tenencia y la escuela, con portales; al norte hay un jardín de rosas que cuidan los niños; al Oriente se encuentra el atrio de la iglesia, bordeado con adobes rojizos por encima de los cuales levantan muy altos sus ramajes cónicos largas filas de cipreses añosos. La calle y el camino pasa por el lado del sur, frente a una tapia baja que limita el atrio menor de la Capilla de Don Vasco. La iglesia, de fachada blanca, está cerrada. La capilla hace mucho tiempo que no se abre.
La iglesia tiene dos torres, pero las campanas se tocan desde un campanario de adobe rojizo construido en el ángulo del atrio. Una estructura de dos cuerpos, cuadrada y gruesa, como torre de moros y un poco ruinosa, lo suficiente para dar a la plaza un aire arcaico y solemne..." añade también que el único lugar para residencia era el curato desocupado porque en Carapan, "no ha habido cura desde hace mucho". El curato, dice: "... es típico, [con] zaguán a la calle, patio central enmarcado por un corredor de ancho alero que voltea por tres lados y sobre el que se abren las habitaciones. El costado sin corredor es una pared que separa el traspatio, que son caballerizas y corral. La casa está en buenas condiciones, pero es indispensable limpiarla, resanar las paredes, blanquear y pintar. El patio era todo jardín que se encontraba sobrecrecido...".
Esta descripción nos indica que estaba ruinoso y casi abandonado el conjunto religioso desde mucho antes de formalizarse el asentamiento urbano a sus alrededores en los años treinta.
En esa misma época el conflicto agrarista provoca serios conflictos en la comunidad que se queja en 1937 de que "...los agraristas o comunistas... [cerraron] el templo desde 1930, y definitivamente en 1931... [además de] perseguir y asesinar a la junta vecinal..." la acusación indica que las autoridades locales, han convertido "...el atrio y casa del interior en un corral de bestias y ganado y abasto de los come vacas, roban reses los mismos empleados y allí las degüellan, pues se han convertido en malechores... destruyeron muchos Santos a achazos, cometieron robos de los objetos destinados al uso del templo..." dicen que no pueden defenderse en Zamora ya que "...no podemos pasar... por los armados de Tanaquillo...". En 1932 estaba "...clausurado por no haber sacerdote que actúe en él...".
Diferentes usos se solicitan para el inmueble a "...centro cultural, biblioteca, teatro, salón de conferencias, etc..." se pide también para centro de investigaciones indias, usándose campo deportivo. En 1934 las autoridades piden se conserve el templo cerrado "...para evitar que la sangre corra a torrentes..." el inspector de Hacienda aclara que "...Existen en dicha población dos grupos que lo integran liberales y fanáticos.- Estos últimos desean la apertura de dicho templo, nada más por herir la suceptibilidad de los libre pensadores.- Estos están avanzados en cultura, por haber dejado desde hace años esos prejuicios que no conducen más que al estacionamiento y el fracaso.- En cambio los fanáticos están atrazadísimos, y es tiempo ya que de que en pleno siglo XX caminen hacia el progreso..." dice el agente de la Federal de Hacienda.
En 1939 el indigenista se retira dejando el templo a expensas de la comunidad agraria que según los vecinos lo "...ha destinado... para bailes... y está en el más completo abandono... [agregando]... se abra una investigación... ya que sabemos que todos los santos fueron quemados...".
Se reabrió en noviembre de 1939 por los vecinos y un destacamento del ejército que los apoyaba para destinarse de nuevo al culto público, procediéndose a repararlo por el párroco y el pueblo católico.
El atrio ha perdido una gran parte de su superficie para convertirse en plaza pública y centro del pueblo, una corta sección jardinada sirve de único acceso al templo; en uno de los extremos se encuentra una torre cuadrada que suple a la torre original que debió estar en el mismo sitio y que indica haber sido exenta como casi todas las de la región.
La fachada es totalmente nueva reconstruida en tabique y concreto, dividida en cuatro cuerpos mediante cornisas simuladas de concreto. El diseño es horrendo aunque inspirado en los elementos que debieron constituir la portada original como son: arco de acceso de tres puntos; nicho hornacina albergando al patrón del templo, San Juan Bautista; ventana ajimez de vanos de medio punto.
Todos estos componentes están hechos con cemento y tabique fuera de proporción y escala, pretenden substituir con escasa dignidad los motivos originales que debieron ser de cantera. En la unión con los muros laterales de adobe se observa claramente la grieta de desprendimiento entr e ellos y el de la fachada de tabique. El remate superior a dos aguas con una cruz en el vértice, descansa sobre dos pilastras de tabique aparente ornamentadas con una almena.
La torre campanario al costado izquierdo del templo consta de cinco cuerpos, los dos primeros de piedra al centro con esquinas de tabique rojo recocido, son cuadrados, siguiendo la proporción de la original. Los tres cuerpos superiores son recientes, hechos en tabique aparente y concreto, totalmente desproporcionados y de mal gusto.
La nave es de planta de cruz latina, construida en adobe aplanado y pintado en colores chillantes (azul y amarillo) por el interior, y aparente al exterior; cuatro altas ventanas rectangulares iluminan el interior de la nave de madera bastante precaria encontrándose una más en el crucero.
El presbiterio conserva altares ojivales de origen ecléctico pintados en rosa pastel carente de imágenes y dos más enmarcan las puertas del crucero; de estos últimos, uno comunica a una habitación que funge como bodega donde se encuentran algunas imágenes y el otro comunica la nave con la sacristía y el curato.
El coro se encuentra al pie de la nave, sobre el acceso, se ingresa a él por un chipote de madera ubicado en el sotocoro, también tiene comunicación desde el curato; está delimitado por un barandal de madera torneado.
La techumbre se apoya sobre vigas horizontales decoradas en su parte media delimitándose los cruceros a través de anchas gualdras que soportan la viguería hacia ambos lados, los planos laterales se inclinan ligeramente simulando alfarje, apoyándose en vigas madrinas que corren a lo largo de los muros. La cubierta por el exterior es de estructura de tijera y cubierta de fajilla y teja.
En el presbiterio se conserva un altar de origen barroco que ha perdido el remate superior del tercer cuerpo, quedando solo el zoclo que lo soportaba y un nicho con el patrón San Juan Bautista, cuyo nombre se hizo extensivo al poblado, parece un elemento discordante y solitario en el conjunto; se divide en tres calles mediante columnas ultrabarrocas flanqueadas por tableros tallados que enmarcan nichos en los que se encuentran las imágenes de la Virgen con el Niño y San José en el primer cuerpo; y San Francisco en el segundo. El altar presenta un fuerte desplome en el extremo derecho que excede de 30 grados, está labrado en madera en blanco y oro, se le agregó un ciprés hacia el frente en el que se encuentra la imagen de un Cristo de indudable ascendencia indígena.
El piso es de mosaico corriente y sube tres escalones hacia el presbiterio, en el cual se encuentra una interesante pila bautismal hecha de cantera rosa.
El crucero del lado norte contiene un retablo ultrabarroco, sumamente interesante de un cuerpo y una calle, está dedicado al Sagrado Corazón de Jesús, junto al que se guarda el ataúd de cristal del Santo Entierro.
Un barandal de fierro vaciado separa este crucero de la nave y es de excelente calidad, presenta la eucaristía sobre rostros de angelitos en medio de guirnaldas; se repite en el lado opuesto.
En el crucero sur vemos un altar que alguna vez fue barroco y que ha sido despojado de sus tallas e imágenes, en la parte media se encuentra un lienzo guadalupano de buena factura y San Antonio con el Niño Jesús en la calle lateral derecha. El tímpano superior muestra dos óvalos con pinturas a los lados y otra más al centro representando a San José.
Fuera del altar, colocada sobre una mesa está una imagen procesional de la Virgen y del lado contrario la Inmaculada Concepción aún se conserva dentro de sus andas procesionales, ambas son de imaginería indígena.
Por el exterior los amplios muros de adobe permiten ver dos óculos tapiados en el muro testero que iluminaban el presbiterio, así como algunos vanos hoy inutilizados.
El curato no fue posible visitar dada la renuencia del párroco a visitas de extraños.
