Entre 1601 y 1650 los españoles asentados en la región del Bajío Michoacano considerada en ese teimpo eclesiásticamente como "Beneficio de clérigo" con pueblos "de indios", como cabecera que era: San Juan Puruándiro y Santiago Conguripo, contemplaba la explotación desde sus estancias, estre ellas, desde estas remotas épocas se menciona La Estancia de Janamuato.
La monogfía de Puruándiro nos dice que la Estancia de "... Jamanuato y su ganado rendían beneficios a Tomás de Burgos Antolínez; a cuyo fallecimiento pasó a solventar la situación económica de su esposa y los hijos de ambos...". El toponímico del lugar tiene sus orígenes en el material volcánico que conforma el suelo del lugar, acumulado en el Cerro de "Jamanos" que en purépecha quiere decir "piedras rojas", mejor conocidas por su nombre náhualtl: tezontle.
Esta hacienda en la etapa colonial según la crónica, "... herraba un promedio de 50 mulas, 40 potros y 120 vacunos, que permiten calcular 300 equinos, 100 asnos y 500 vacunos...".
El auge de la Hacienda continuó formandose en el siglo XIX un latifundio que a fines de ese siglo se unca por una calzada con la Hacienda de San Antonio, y por otra de la hoy Congregación de Janamuato al rancho de la caña. Aparece de nuevo en la historia por que en sus cercanías mataron a los primeros maderistas en el paraje conocido como la laguna, dejando sus cadáveres colgados de un árbol.
El informe de Bienes Inmuebles reporta en 1986 que los vecinos saben que se reconstruyó el año de 1915, en materiales de "... Cantera, piedra, techos de teja, pisos de cemento...".
La guerra cristera llegó a Janamuato con la misma agresividad que al resto del Bajío Michoacano, destacando un hecho sucedido en noviembre de 1926 en que los grupos no católicos actuaron en Janamuato en contra del "... padre García [que] fué aprendido y obligado a subir a una caravana de cuatro. El encargado del orden que ayudó al secuestro, resultó muerto a balazos..." las represalias no se dejaron esperar, ya que los hacendados aceptaron el reparto de tierras entre las gentes que eran de su confianza dejando fuera a los solicitantes que formaban el grupo agrarista. Los favorecidos fueron llamados "fraccioneros", y continuaron siendo atosigados por los congregados en la comunidad agraria, hasta que su lider Jesús Juárez fue muerto a balazos en 1931, fecha en que los fraccioneros cercaron las cuevas que les servían de guarida perdiendo así la batalla y pacificándose en la región con el reparto planeado por los hacendados y las autoridades quedando incluido en él la lantígua estancia de Janamuato.
El secuestro del párroco en el sitio indica que la capilla ya estaba establecida en el casco de la hacienda.
Durante mucho tiempo la localidad se llamó "Puerta de Cuanajo", la capilla al dividirse las tierras de la Hacienda para formar el nuevo pueblo, fué insuficiente por lo que en 1942 se amplió nuevamente la obra bajo las instrucciones del Padre Francisco Nambo, fué consagrado a la Santísima Trinidad convirtiéndose en parroquia el año de 1954. La fábrica se hizo de tres naves y se realizó con la piedra áspera llamada Janamo.
En 1980 se define Janamuato como una "... densa población a pesar de la inmigración... calles alineadas con casas de ladrillo y adobe...".
La Iglesia actual indica claramente en uno de sus muros laterales vestigios de una construcción de mayor antigüedad que ocupa los tres cuerpos centrales de la nave. El edificio es de tres naves con torre con torre a la derecha del acceso y cubietas de bóveda con cúpula frente al ábside y coro sobre el acceso.
