La iglesia fue remodelada el siglo pasado y principios del presente, es notable la cubierta de madera que cubre el ancho claro de la nave. En las notas del libro de Lejarza se aclara "... Este viejo pueblo de San Luis Nahuatzen que llegó a ser el más importante de la meseta tarasca, ...de la cabecera dependen las tenencias de San Isidro, la Mojonera, Sevina, Comanchuén, Arantepácua y Turícuaro... cuenta con 13,370... dedicados a la explotación del bosque... de la lana de sus ovejas fabrican, gabanes y rebozos de exquisito gusto..."
En 1754, el cura beneficiado de Nahuatzen, el bachiller Juan Barón Avilés responde al escrito Carta Cordillera turnado por el Santo Oficio diciendo que el curato de Nahuatzen era cabecera de Cherán, Sevina y Comachuén. Agrega que en ese año Nahuatzen "...Tenía de vecindario 270 indios e indias, casadas y viudas, 31 de la doctrina, dos mulatas, 5 mestizas y mestizos, y 4 españoles...". No encontramos datos sobre este pueblo en la Relación del siglo XVI, aunque parece ser que desde entonces el sitio había sido evangelizado por la orden de San Francisco que se desplazó en las tierras frías de la región serrana en Michoacán, el templo fue dedicado a San Luis Rey, en la portada existe una placa que asienta la fecha Agosto 24 de 1584, misma en que debió consolidarse la fundación alrededor del edificio religiosos. No obstante la construcción que hoy vemos sufrió varias alteraciones siendo la más importante la ampliación de la planta rasa para transformarla en planta cruciforme.
El atrio se ha reducido al mínimo, quedando frenta a él la plaza del pueblo, que seguramente absorbió gran parte del mismo, el espacio atrial se cubre de una plancha de cuadros de concreto dividida por una retícula de laja de piedrín; frente a la fachada se levanta una basa cuadrada en la que se ubicaron los trozos de una cruz adherido con mezcla de cemento, desplantada sobre una columnilla de piedra rectangular con basa y capitel toscano. El atrio no está delimitado excepto por el extremo sur, en donde una barda lo separa de otras propiedades que un día al igual que la calle formaron parte del predio de la iglesia, en este sitio se encuentra la escuela primaria habiéndose donado el lugar a la Secretaría de Educación Pública durante el período cardenista que substituyó los curatos por centros de enseñanza.
La fachada es un amplio paramento recubierto de aplanado con falso sillarejo pintado en toda su extensión con guarda polvo de cantera que protege el desplante en todo el frente, armonizando con las basas lisas en las que se apoyan dos columnas de capitel compuesto flanqueadas por medias muestras que siguen el mismo diseño y que encuadran en vano de acceso enmarcado por un arco de estrechas dovelas tablereadas sobre impostas y jambas lisas. Sobre los capiteles se apoya el entablamento de friso y sin decorar y cornisa denticulada arriba de la cual vemos un ático que carga el vano del coro; este último presenta dintel de arco escarzano que se flanquea por dos columnillas similares a las del primer cuerpo de la portada, pero de menores dimensiones, a su vez cargan el entablamento que se quiebra en los extremos para formar un frontón curvo truncado. En el mismo eje, a corta distancia del vano coral, vemos a un óculo con la caratula de un reloj ocupando el frontis del remate mixtilíneo que cierra la fachada con una cornisa de cantera moldurada en saledizo.
La torre ubicada en la esquina norponiente de la nave es un de las más antiguas de l a Meseta Tarasca, en el segundo cuerpo ostenta la fecha 1644 y en el tercero el año de 1645 en que se terminó, se adosa a la nave repitiendo el grosor del muro, por lo que en el interior se forma un pasillo de 3.20 m. que conduce hacia el bautisterio que ocupa la parte inferior, en el que vemos una pila bautismal del siglo pasado al centro, y en el muro norte en medio de columnas neoclásicas de capitel y basa de fuerte influencia churriguera la imagen espléndida de un Cristo de caña que conserva su belleza pese al mosaico corriente del piso. Por el exterior el primer cuerpo, que es propiamente el basamento, tiene una pesada proporción casi cuadrada que se rompe mediante un óculo central que ilumina precariamente el bautisterio; el segundo cuerpo alberga el campanario, está formado por dos vanos de medio punto de imposta corrida que se enmarcan por una moldura tablerada que emerge de la cornisa y los rodea y separa los vanos rompiéndose en el muro entre ambos debido a un nicho que alberga la imagen del patrono. El cuerpo superior ochava las esquinas adquiriendo una forma octagonal, en cada una de sus caras hay un vano de medio punto de arco y jambas molduradas de excelente talla, se adorna con ricas almenas ubicadas en los ochavos; un entablamento moldurado tamnbién con almenas aunque estas de perillón, colocadas en las aristas, sirve de apoyo a la media naranja del cupilín sobre el que desplanta la cruz.
Alineada a la fachada en el lado norte se encuentra una construcción nueva formada por las piedras que constituían la capilla del hospital que los vecinos reconstruyeron mediante un deficiente proceso de anastilosis que resulta un interesante rescate de lo que fue el Iuritzio de la Huatápera.
La nave es de planta de cruz, los cruceros son más recientes y se abrieron a fines del siglo pasado concluyéndose los trabajos en el actual; por el exterior podemos ver las distintas etapas constructivas siendo la más antigua de mampostería con junteo de cantera a escuadría formando dentellones; sobre el mamposteo se observa una ampliación reforzada por contrafuertes de tabique, coincidente con los vanos rectangulares que dan una considerable iluminación al recinto. En el ábside se colocó un pequeño nicho avenerado con la imagen de la Virgen, mismo que no dudamos haya también pertenencido a la capilla del antiguo hospital. El interior de la nave se ornamenta por anchos arcos moldurados de medio punto sobre pilastras lisas propios de la etapa ecléctica sobre los cuales se ubican vanos rectangulares con vitrales y en su interior nichos con imágenes y confesionario enmarcado por rectángulos a la manera de alfices.
La ruptura del crucero se logra a través de un gran arco de pilastras y medio punto tablerados que separa el presbiterio del resto de la nave, la división propiamente se produce en el maderamen de la cubierta, grandes gualdras se madera dividen la techumbre en tres partes lográndose así la cruz de la planta; destaca la talla de la madera tanto de la cubierta como del magnífico púlpito con su torna voz que se ubica en el lado opuesto al que tradicionalmente ocupan los elementos de este tipo en la arquitectura virreinal. La techumbre exterior es una armadura de madera de triángulo recubierta por teja colocada sobre fajilla. El piso es de mosaico corriente en varios tonos, sube hacia el altar separándose por una reja que funge como comulgatorio; al frente sobre el muro del ábside está el altar principal de diseño ecléctico, compuesto por t res calles separadas por pilastras formadas por tablero cuadrados en cuyos nichos centrales se encuentran las imágenes de José y María. En el primer cuerpo, ocupando el nicho central está una imagen de Jesús con una espléndida cruz, ambos de origen virreinal; el cuerpo superior muestra en su única calle a San Luis Rey, patrón de la parroquia.
Los altares de los cruceros son neoclásicos, en uno de ellos vemos un enorme lienzo con San Miguel Arcángel al centro rodeado de frailes y santas, entre las cuales vemos a Santa Catalina de Alejandría con su rueda al lado. La parte superior está ocupada por los Apóstoles y la Coronación Mariana. El otro crucero concerva un altar con el Santo Entierro y un Cristo de pasta de caña, el nicho principal que debió contener la escena del Calvario está ocupado por un lienzo Guadalupano y a su lado una imagen de San Miguel portando la báscula en su atributo de Juez de las Almas. Al pie de la nave se ubica el coro soportado por un arco de medio punto que emerge de cortas basas, se ingresa a él a través de la torre.
Los anexos son recientes exceptuando la sacristía a la que se ingresa por uno de los cruceros, por tal efecto se abrió una puerta elegantemente enmarcada por jambas y entablamento neoclásico con triglifos y metopas.
