El Bachiller Pedro José de Velasco, Capellán informa al rey: "...este lugar de San Juan Zitacuro, aunque vulgarmente le dan el titulo de Villa, no es sino un pueblo de mucho vecindario de españoles, indios, mulatos, mestizos y lobos, dividiendose el vecindario de los indios de las demás castas por su lugar y situacion. Porque fundada y erigida la iglesia en el centro del pueblo, todo el vecindario que tiene a sus espaldas es de puros indios. Y todo el vecindario que tiene en su frontera es de españoles, mestizos, lobos y mulatos...".
El pueblo fue incendiado arrasándolo en su totalidad por las tropas de Félix Calleja perdiendose el edificio original conventual que se reedificó el siglo pasado concluyéndose en el presente.
El Actual templo de San Juan forma parte del antiguo convento que fue fundado por los frailes franciscanos que se establecieron en el sitio para evangelizar desde este lugar una amplia región.
En 1765 la cabecera establecida en San Juan Zitacuaro administraba once pueblos vecinos según informaba el cura y juez eclesiástico de dicha parroquia, el bachiller Pedro Joséph de Velazco, esto indica la importancia de la fundación.
El pueblo conocido como la "heroica "Zitácuaro" fue arrasado en su totalidad por el fuego con que fue incendiado al resistir valientemente los asedios durante el conflicto independiente. Don José María Lejarza dice que "...Tzitácuaro quiere decir en la lengua de la provincia "Lugar de Resurreccion" en 1822 era Villa y Cabecera de Partido... a treinta leguas de Valladolid, muy considerable en otros tiempos, hoy abrazada y casi destruida... las alcaldías... que pertenecían sus pueblos a Maravatío... se trasladó a Zitácuaro por el aumento de su población y de su comercio que fue adquiriendo en adelante. En esta Villa, Hoy Curato Secular de la Mitra, hay un convento de PP Franciscanos, y se ha establecido un Ayuntamiento Constitucional desde la jura de la Constitución Española en estos países, en el año que se reseña contaba con 1,739 almas...".
Rivera Cambas nos dice que cuando estuvo en ella la poblaban 4000 habitantes, agrega que fue: "...condecorada con el título de heroíca por decreto de 20 de abril de 1868, habiéndole dado desde el 17 de nov. de 1858 el de ciudad en premio a su patriotismo... tiene catorce pueblos que la rodean... durante la guera de independencia el caserío fue quemado... Zitácuaro significa en idioma tarasco: "Lugar de Resurrección", ...los franciscanos... enseñaron por aquellos sitios el Evangelio, y fue el Illmo, Sr. Quiroga, quién fundó el primer curato; estos religiosos construyeron la primitiva iglesia, estableciendo un convento hasta principios de este siglo. La iglesia que sirve actualmente como parroquia fue construida después de la Independencia, concluyéndola el cura D. Mariano Carreón...".
En las luchas independientes después de la derrota de Don Ramón Rayón que estableció en la Villa la Junta Nacional en nombre de Fernando VII, formada por él, Liceaga Verduzco y Morelos en agosto de 1911, "...el pueblo fue saqueado, las iglesias profanadas... más de docientas personas fusiladas... un bando publicador por Calleja... adjudicando a la real hacienda las tierras y los bienes de los natuales de la villa y de los pueblos que en la jurisdicción tomaron partido en favor de los rebeldes, quitaron a los indigenas los goces y franquicias de que disfrutaban. La confiscación se extendió a los españoles y castas. Los vecinos evacuaron la villa en el término de seis días pues d ebía ser incendiada y arrasada permitiéndoles llevaran sus bienes y los muebles... el cura y demás eclésiasticos fueron remitidos a Valladolid, a disposición del Obispo... con prohibición de volver a fundar pueblo... a iguales penas los pueblos que albergaran a los miembros de la junta. El bando se cumplió en todas partes, el fuego redujo a cenizas a Zitácuaro, así como a muchos pueblos de los alrededores...". No obstante la ciudad renació siendo centro revolucionario en la Guerra de Reforma y en la intervención Francesa. En 1864 y 65 ya había habido en el sitio cobates decisivos para la causa libertaria.
El edificio actual fue construido en el siglo XIX y terminado en el actual, el atrio que presidía la iglesia inicial de los franciscanos ha desaparecido ocupando el sito los espacios públicos del pueblo como son la plaza y una calle.
La fachada es un paramento liso pintado de blanco rematado en medio círculo, la portada ocupa el eje central, consiste en un arco de medio punto abocinado con molduras de media caña, flanqueado por pilastras desplantadas de basas lisas y con fuste toscano que se prolongan para rematar en almenas de pináculo; sobre el extradós se yergue un ático mixtilíneo con una talla de pergamino con adornos vegetales remata con una hornacina vacia, formada por un arco de medio punto sobre impostas coronadas por una cruz que desplanta de una corona de espinas.
Las torres estan construidas por tres cuerpos, apoyados por un basamento inferior dividido en dos niveles con vanos de medio punto en el primero y mixtilíneos en el segundo; los tres cuerpos superiores presentan vanos mixtilíneos en cada una de sus caras y rematan en una media esfera con gajos remarcados y doble almena en las esquinas.
La planta es de tres naves, separadas por columnas decoradas siguiendo diseños eclécticos que la dividen en varios cuerpos con una cúpula en el antepresbiterio desplantada sobre pechinas. Las dos cubiertas de las naves laterales son más bajas y de techo plano, se delimitan con barandales.
Sobre el acceso está el amplio coro que ocupa dos cuerpos de la nave y se soporta por estructuras de concreto en arco de tres puntos y trazo irregular.
La actual iglesia da la impresión de haber reutilizado los restos de la primiriva nave franciscana, el grosor de los muros que dividen la central de las dos laterales así parecen indicarlo, de igual manera que las dimensiones, propias más de una nave conventual que de un edificio parroquial de posterior factura. Sin embargo se requieren calas para poder confirmar su posición.
El piso es de mosaico y asciende hacia el altar en donde vemos sobre el muro del ábside la escultura de San Juan Bautista a orillas del Jordán en actitud de bautizar.
