Pese a las modificaciones y a las invasiones de particulares y del gobierno mismo, el edificio conserva sus características, ocultas por malas intervenciones arquitectónicas y decorativas.
De San Francisco Quatepec dice el cura y Juez eclesiástico de San Juan Zitácuaro cuando describe los pueblos de que se componía dicha doctrina en 1765 "...Al sur... está San Fco Quatepec... tiene iglesia de mampostería, ornamentos, un vaso sagrado, un incensario, candeleros y cruz de plata..." indicando que era un sitio en el cual podía realizarse el culto sin proveer objetos de la cabecera. Este sitio fue evangelizado por los frailes de San Francisco con sede en el convento de Zitácuaro, conservándose la doctrina bajo su control hasta el despojo de la orden por los seculares, que por todos los medios trataron de borrar la presencia de los descalzos, eliminando los escudos y alfices que en su tiempo los caracterizaron, sin lograr restar dignidad al edificio que aún vemos sólidamente construido de cal y canto.
El atrio. Frente a la capilla se extiende el atrio, convertido en jardín público con el busto de un personaje independiente colocado sobre un basamento de piedra ocupando el sitio donde alguna vez debió estar la cruz atrial, se conservan hermosos árboles en el sitio, está delimitado por una barda de poca altura único vestigio de la barda colonial, está diseñado con sus andadores perimetrales en los que se instalaron bancas de concreto, sin que el Ayuntamiento se atreva a demoler por completo el murete, aunque este sea la evidencia de que se trata de un predio federal.
La fachada conserva en gran parte las características de la arquitectura de la evangelización propia de la orden de San Francisco, las dos grandes jambas monolíticas enmarcadas por basa y capitel con friso tallado en grandes flores platerescas son claro testimonio de las primitivas fachadas de alfiz que se han estudiado en la región serrana de Paracho o en la cuenca del lago de Pátzcuaro, pero que no se han tomado en cuenta en el oriente del Estado; el espléndido arco conopial también ornamentado con gervasias unidas por un breve cordón presentan la sencillez de las primitivas construcciones del siglo XVI, en el vértice del extradós se colocó una piedra que contiene la talla de una cruz foliada que seguramente proviene de otra parte del edificio; una cornisa que abarca el ancho de los capiteles indica la presencia de un alfiz ya inexistente. La ventana cuadrada evidentemente es nueva, substituye un posible ajimez según lo indica la cornisa superior en la que se apoya un nicho rematado con una cruz, con una diminuta imagen en su interior que presumimos se trata de San Francisco o bien de la Inmaculada Concepción.
El paramento remata en un frontón siguiendo la pendiente de la techumbre delimitado por una cornisa de cantera con moldura de pecho de paloma y en el vértice se encuentra una peana de piedra sin cruz.
La torre es de dos cuerpos apoyados en un grueso paramento cuadrado que se abre en talud a un tercio de su altura, se ingresa por la parte posterior que conduce al coro mediante una escalera metálica; por el exterior una cornisa que se quiebra para continuarse delimitando el imafronte separa el basamento de los cuerpos superiores de similares características, con un vano de medio punto en cada una de sus caras bajo un friso sin decorar coronado por la cornisa divisoria ornamentada con almenas de perillón que sirven de fuste a columnillas cilíndricas que remarcan las esqui nas; remata con un chapitel piramidal que soporta la peana con una cruz metálica con su respectiva veleta. Todo el cuerpo de la torre está aplanado y pintado del mismo tono de la nave, lográndose un conjunto fuerte y proporcionado, pese a que la primera es posterior a la segunda, no obstante encontramos aún en funciones una campana fechada en 1636, que puede ser la fecha en que se erigió la torre.
La nave es de una sola planta que se estrecha en el presbiterio siguiendo un diseño común entre los franciscanos y poco usual en Michoacán, la parte sacra de la de los fieles más alta, se separa a través de un arco triunfal con impostas de pomas isabelinas cuya moldura sube formando un alfiz que se trunca recordándonos la fachada de Angahuan, pese a las severas remodelaciones este vestigio de mudejarismo persiste insinuándose una capilla abierta.
En los muros que delimitan el prebiterio del lado sur, se encuentra un pequeño vano conopial cuya ubicación nos desconcierta, apoyado en el testero se encuentra un altar de diseño ecléctico, con un cuerpo y tres calles separadas por columnas corintias que soportan un tablero del mismo orden pero fuera de proporción, en dichas calles están dos nichos con las imágenes de la Inmaculada Concepción y del Sagrado Corazón; en la calle central está un templete de columnas jónicas de fuste estriado que alberga la imagen de San Francisco.
El resto de la nave es de paramentos aplanados al talochazo lisos con sólo tres vanos rectangulares en el lado norte. El coro se ubica a los pies sobre el acceso, se ingresa a él desde la torre y se encuentra apoyado sobre pilastras frenteándose con una falsa platabanda de concreto apoyada sobre columnas del mismo material; está delimitado por un barandal torneado de poca calidad. El entrepiso fue recientemente remodelado substituyéndose la viguería original por una losa también de concreto armado. En una de las esquinas vemos la urna del Santo Entierro que data del siglo XIX.
Los muros están aplanados y pintados en ambas caras, soportan una cubierta plana de enduelado que se protege por el exterior con una armadura de madera recubierta con teja. El piso es de mosaico y sube tres escalones hacia el altar que tiene el mismo acabado.
La sacristía se ubica a un lado del presbiterio y se comunica mediante un vano de medio punto, los muros son de piedra enjarrados por ambas caras y la cubierta es de madera y teja. En ese mismo lado se encuentra adosadas construcciones contemporáneas que dan servicio al templo.
