La capilla de pequeñas dimensiones presenta planta rectangular, sus muros son de mampostería y su cubierta es a dos aguas de láminas metálicas sostenida por un armazón de madera; el estado de conservación del inmueble es en general malo, habiendo perdido parte de la cubierta y porciones del muro perteneciente al presbiterio. El conjunto cuenta además con superficie atrial que rodea el templo por el poniente y norte.
La siguiente información fue tomada textualmente del Catálogo de Construcciones Religiosas del estado de Yucatán. Editado por la Secretaría de Hacienda y Crédito Público. Dirección General de Bienes Nacionales. Formada por la Comisión de Inventarios de la Cuarta Zona 1929 - 1933. Recopilado por Justino Fernández.
"TRES CRUCES.
HISTORIA. Aun cuando no se tienen datos sobre la época en que fue construida la capilla, se puede ver por su estilo arquitectónico que se edificó recientemente. La sacristía fue levantada hace unos treinta años. El jacalón tiene una inscripción que dice: "Este salón fue construido en el año de 1926 por la Sociedad de Las Tres Cruces de Dzonotcheil e inaugurado el 3 de octubre del mismo año".
DESCRIPCIÓN. Este predio consta de atrio, capilla, sacristía y un jacalón.
El atrio está limitado por una cerca de piedra doble y una parte de barda de mampostería, tiene una entrada por la calle 31.
La capilla la forma una pieza amplia; sus muros son de mampostería, aplanados y pintados a la cal. Tiene pavimento de cemento y techo de guano. Tres puertas dan acceso y le proporcionan luz y ventilación; una da a la calle 31 y las otras dos al atrio.
La sacristía se encuentra separada de la capilla y está construida de paredes de setos con techo de guano y piso de tierra apisonada; tiene una puerta que da al atrio.
Al jacalón lo limita un pretil de mampostería con tres entradas, su piso es de cemento y el techo de lámina de zinc, sobre sencillas armaduras de madera y pies derechos del mismo material.
CONDICIONES MATERIALES. Todo el predio, con excepción de la sacristía que está en malas condiciones, se encuentra en buen estado de conservación."
