Chachuapa (Yutañani) fue asignada como encomienda a Rufio de Benavides, conquistador español sucedido por su hijo Juan poco antes de 1550. Chachuapa pasó a la Corona antes de 1597 pero posteriormente sus tributos fueron reasignados.
Totalmente modificado, el templo de Santa María Chachoapan había sido reconstruido en el siglo XVIII. Tiene planta de una nave cubierta recientemente con bóveda de cañón.
La portada principal fue sustituida totalmente después de que un sismo dañó el inmueble.
