Juxtlahuaca está ubicada en la escabrosa zona de la mixteca baja.
Según la relación de 1777, se encontraba originalmente en la cima de un cerro, al este de su ubicación actual. Fue trasladado presumiblemente por los dominicos en la década de 1550, a la llanura de abajo y nuevamente en 1633, la cabecera fue desplazada doce o catorce cuadras hacia el norte hasta su emplazamiento definitivo.
El Templo de Santiago de Juxtlahuaca que se conserva hasta nuestros días, ha tenido diversas intervenciones; conservando de su partido original, la planta de tres naves con el presbiterio sobre un podium, y de menor anchura que la nave central: En épocas posteriores se le fueron anexando las capillas laterales y el nartex con campanario que procede a la portada.
