El templo de San Pedro Topiltepec ha sufrido varios cambios a lo largo de su existencia; reformas que han alterado su partido arquitectónico original, y otras meramente por cambios de estilo en su decoración.
Su planta es de una nave, y presbiterio de dos tramos (el último de etapa posterior a su construcción original). Sus gruesos muros de mampostería están reforzados con pesados contrafuertes que reciben el empujo de los arcos interiores que modulan la nave, iluminada por dos pequeñas ventanas colocadas una en la parte alta de cada muro.
Los accesos laterales tienen una portada estilo renacentista que sigue el esquema de los dos pórticos sobrepuestos sin continuidad en las columnas.
La portada principal está desarrollada en dos cuerpos; al centro del primero se encuentra el acceso de medio punto flanqueado por pilastras pareadas de capitel jónico, con nichos con peana y concha en el intercolumnio. Separados por una cornisa el segundo tiene al centro la ventana coral germinada de arcos polilobulados y a los lados la continuación de las pilastras del primer cuerpo sobre altos basamentos y rematadas con pináculos. El frontispicio tiene incrustaciones de piedras labradas con el relieve de los símbolos pontificios: la tiara con las llaves cruzadas y la cruz.
