San Francisco Logueche se encuentra sobre terreno montañoso a 24 Kms. al este del valle de Miahuatlán. Su nombre se deriva de LOO, preposición equivalente a ojo y GUECHE, pueblo, es decir "pueblo vistoso", que se ve desde lejos, por estar situado sobre una ladera. Gerhard explica que San Francisco Logueche es uno de los tres pueblos pertenecientes a San Luis Amatlán, luego de las congregaciones hechas por los dominicos hacia 1600, que buscaban contrarrestar la extremada dispersión de la población. La tradición oral, conserva la fecha de 1744, como la del reconocimiento oficial de su fundación.
El conjunto arquitectónico del templo, se halla asentado sobre un basamento de estructuras prehispánicas en una plataforma artificial más alta que el terreno natural que le rodea. Está compuesto por el atrio, el templo y algunas dependencias menores. El atrio de forma irregular, está arbolados con cedros, cipreses y casuarinas, entre los que hay vestigios de varios pavimentos. En su interior existen dos cruces de madera sobre bases de tabique.
El templo es de una sola nave, de planta rectangular y dispuesta en sentido oriente-poniente; está dividida en cuatro tramos y el ábside.
El frontispicio se levanta al poniente y está toda trabajado en colores azul y blanco; tiene a los lados dos torres con campanario y una magnifica portada dividida en dos cuerpos y el remate. El primer cuerpo tiene la puerta con un arco de medio punto, a la que se llega luego de subir una angosta escalinata. Está enmarcada por un alfiz, ricamente decorado con motivos vegetales. A cada lado hay medias muestras, con el fuste estriado, de gran esbeltez, sobre pilastras lisas, desplantadas sobre basas cuadradas con casetones en las tres caras.
En el segundo cuerpo, -de menor altura que el primero y también trabajado en azul y blanco-, hay una ventana mixtilínea dentro de un nicho con venera, flanqueada por pilastras y pares de medias muestras con estrias. En las entrecalles de los extremos hay nichos, también con venera y peana. En la parte superior de cada cuerpo corre una banda de metopas, triglifos y cornisas.
El imafronte tiene perfil mixtilineo, con mayor altura al centro, para dar espacio a una cruz dentro de un arco en relieve. En todos estos elementos, se combina la pintura de color blanco sobre azul y viceversa. En las torres la pintura está aplicada imitando hiladas de sillares. Los campanarios presentan la misma calidad de diseño que la portada, aunque en este caso se utilizan pares de pequeñas pilastras estipites; están cubiertos con cupulines invertidos desplantados sobre un tambor octogonal y rematan en un florón.
En los demás paramentos sobresalen los contrafuertes y la pequeña sacristía al norte. Se aprecia la mampostería hecha con sillarejos de cantera y tabique aparejada en hiladas horizontales. La cubierta de la nave es de bóveda de cañón corrido, excepto en el espacio correspondiente al coro, en el que se desplanta una cúpula "bizarras", de planta rectangular y aristas ochavadas, con su linternilla.
El interior está pintado en colores contrastantes, y en el presbiterio hay un hermoso retablo.
Los habitantes del lugar, celosos guardianes de su capilla, no permitieron el ingreso al templo.
