Este templo -como muchos de los que actualmente posee la ciudad- es resultado de la evolución que padecieron las antiguas capillas construidas dentro de las haciendas de beneficio, para la atención espiritual de sus propios operarios. La hacienda que nos ocupa llevó el nombre de Nuestra Señora de Guadalupe, conocida popularmente como "Pardo" por el apellido de su primer dueño; de donde persiste el nombre del templo y su calle hasta nuestros días.
Es posible que la capilla haya estado en pie desde finales del siglo XVII, pese a que algunos documentos señalen su fecha de edificación en 1757, cuando posiblemente se haya realizado una reconstrucción. La capilla estaba ricamente dotada en 1770 con retablos dorados y ornamentos, que fueron sustituidos en la reedificación de 1868 cuando el inmueble consiguió el aspecto neoclásico interior que aun se observa, pero conservando la portada manierista hasta el presente siglo cuando es sustituida.
La portada original fue lamentablemente retirada en 1945 del muro de fachada para ceder su lugar a otra portada, mucho más rica y preciosa, procedente del arruinado templo de San Juan de Rayas en el mineral homónimo. Aunque este traslado se realizó con el loable objetivo de conservar la portada de Rayas, en riesgo inminente de perderse; desde la óptica de la conservación contemporánea no deja de ser criticable la destrucción de otra portada, más modesta, pero igualmente importante en el aspecto histórico.
La planta del templo está organizada en una sola nave con ábside ochavado en el presbiterio, mientras que los dos tramos de la nave están cubiertos de bóveda de cañón con lunetos, al tiempo que sobre el presbiterio se levanta una cúpula de planta elíptica, compuesta por un tambor abierto con cuatro vanos ortogonales respecto a la nave, bóveda apuntada y linternilla original sorprendentemente articulada con estípites, lo que revela su construcción en el último tercio del siglo XVIII.
Sin lugar a dudas, el elemento más sobresaliente del conjunto, es la riquísima portada de San Juan de Rayas, levantada cerca de 1776 y tal vez diseñada por Felipe de Ureña. Al trasladar la portada fue necesario hacer modificaciones insalvables, una de ellas causada porque Pardo tenía el campanario del lado del evangelio y Rayas en el contrario; lo que finalmente originó que ahora el inmueble luzca dos torres, una tosca y masiva original del templo de Pardo, y otra esbelta y elegante procedente de Rayas.
La portada de Rayas posee dos cuerpos y un remate; el primero de ellos posee dos pares de estípites que flanquean el vano de acceso con el único arco mixtilíneo de la época barroca de Guanajuato; en el segundo cuerpo tres estípites se colocaron a cada lado de la ventana coral de perfil ondulante; mientras que en el remate se diseñó entre roleos y volutas un tablero que en altorrelieve presenta el Bautismo de Cristo, con la advocación original de San Juan Bautista de Rayas.
