La fundación del templo de San Lázaro fue motivada por la existencia del hospital que existía adjunto, establecido para la curación de leprosos por el doctor Pedro López en 1572. Después de la clausura del primitivo leprosario que se había establecido en la zona conocida como la Tlaxpana, cercana a la fuente donde llegaba el agua a la Ciudad de México desde las Lomas de Santa Fe y con el pretexto de una contaminación del líquido, el oidor Nuño de Guzmán obligó su traslado a las afueras de la ciudad a la zona donde probablemente existieron las Atarazanas, edificaciones construidas por Cortés para albergar los bergantines que había construido para asaltar Tenochtitlan y fortalecer así su posición dentro de México.
En 1721 la decadencia en que se encontraba el hospital motivó que el bachiller Buenaventura Medina Picazo, descendiente del fundador por línea materna, interviniera como benefactor, reparándose el hospital y reedificando el templo "desde sus cimientos". La obra estuvo a cargo del Arquitecto Miguel Custodio Durán efectuándose la dedicación el 8 de mayo de 1728. La atención del hospital se cedió a la orden de los juaninos, quienes lo mantuvieron hasta 1821, en que pasó a la administración municipal.
En 1800 se transforma el templo suprimiéndole el crucero, el cimborrio y el camerín, dedicándose nuevamente el 28 de marzo de dicho año. Posteriormente, en 1862 deja de funcionar como hospital y los enfermos son trasladados al hospital de San Pablo. Al ser abandonado el inmueble, es reutilizado instalándose en sus terrenos la estación para el ferrocarril de Morelos, popularmente conocida como de "San Lázaro".
En 1890 el templo se vende a particulares, quienes lo utilizan para instalar una fábrica; posteriormente se transforma en bodega, función que sigue guardando hasta la fecha. La torre que se levantaba al poniente fue demolida.
El ex-templo se desarrolla en una planta de cruz latina abriéndose la portada principal hacia el Norte. Ésta se compone de dos cuerpos. La entrada se abre a través de un arco de medio punto, flanqueado por pares de columnas con capitel corintio, con fuste trabajado con estrías onduladas y desplantadas sobre plintos. En cada intercolumnio se encuentra un nicho; en el entablamento, el friso está decorado con motivos vegetales. En el basamento del segundo cuerpo se forma un rectángulo en el que se inscribe una cartela. El tema central es un nicho rodeado por relieves a cuyos costados, se levantan pares de columnas con capitel corintio. El fuste está trabajado en las dos secciones superiores con estrías onduladas y el tercio inferior con motivos vegetales. En el crucero se localiza una portada hacia el poniente. Hacia el Sur del ex templo se levanta una capilla de planta cuadrangular cubierta por una cúpula.
