San Francisco Chejé es una población indígena trazada con el modelo de la actual cabecera municipal, es decir, con espacios públicos y privados situados en torno de una plaza principal de trazo rectangular y cuyo eje mayor corre paralelo al camino de acceso. El atrio de la antigua capilla -y ahora parroquia de San Francisco de Asís- es sólo una continuación de aquel espacio central y al que se tiene acceso por cualquiera de las varias circulaciones que fluyen en el centro del pueblo.
Este atrio es, así, una plaza en la que llama la atención la falta casi absoluta de vegetación o de señalamientos para la circulación como fue corriente que se hiciera en el curso del virreinato. La construcción que representa los esfuerzos comunitarios, en esa perspectiva, remata no una sino dos plazas en sus extremo oriente, de manera que la portada se abre hacia el poniente, como fue usual que se hiciera durante la mayor parte de la época virreinal y como se continuó haciendo, con sólo unas cuantas excepciones, en el curso del siglo XIX.
El trazo de la parroquia es, podría decirse, uno de los tradicionales en las obras populares de su época y seguramente desde antes, es decir, el de una planta en forma de cruz latina que permitió, como fue muy bien sabido, incluir las soluciones de carácter estructural en las propuestas de orden espacial y litúrgico.
El edificio es totalmente de piedra de la región en su primera etapa, lo que incluye desde luego a la cúpula. Sólo las torres de los dos campanarios fueron resueltas con tabique rojo, un material que también podría representar una época posterior al siglo XIX (como en realidad ocurrió). En la medida pues de la presencia de esos materiales, las fachadas de esta obra son paramentos en los que ahora se combina, como se comentó antes, una tradición constructiva con una solución poco afortunada y a la que representan las piezas de concreto reforzado.
La fachada principal, es la de un edificio popular que fue resuelto sólo con la imitación o la reinterpretación de soluciones propias de otros sitios: se trata de un volumen central al que flanquean los cubos de dos torres de campanario sin mayores méritos que los de la estabilidad estructural.
La portada, así, también es el resultado más sencillo de unir en un eje a dos elementos imprescindibles, la puerta de acceso, que va inscrita en un arco de medio punto, y la ventana del coro, que tiene el mérito menor de haber sido trazada y ejecutada con jambas y cerramiento de cantera, una de las piedras utilizadas en la obra, pero a las que apenas si labró de manera muy superficial.
En la composición de la fachada interviene asimismo la presencia de las curvaturas de la cúpula, elemento que también ha de considerarse tradicional y al que habitualmente no se concedió, en obras populares, una presencia definitiva en las fachadas principales. La portada igualmente combina piedra que fue dispuesta para ser aparente con sillares que fueron elegidos para ser labrados pero, como una solución local del mayor interés, ha de destacarse que la jamba del lado norte del acceso incluye una pila bautismal que sugiere, por su ubicación, proceder de un acto de reconocimiento a las costumbres o las usanzas, o las preferencias, de ciertos grupos de otomíes.
El interior del recinto es, en concordancia con las observaciones anteriores, el resultado mínimo de la elevación de los muros que continúan los rumbos, las calidades y las dimensiones de las cimentaciones: se trata de un espacio algo confuso por la presencia de piedra aparente donde debió haber aplanados y quizá hasta colores claros para conducir los ejes visuales a los objetos del presbiterio.
La obra lleva bóvedas de arista en cuyo trazo se advierte la posibilidad de que hubieran sido vaídas. En conjunto, y vistas en perspectiva, las bóvedas en esa sucesión forman un arco como el que se obtiene en las bóvedas de cañón de medio punto corrido. La comprensión de la estructura es posible, sin embargo, en la observación de los distintos tramos en que se dividió y a los que distinguen, desde luego, los arcos formeros de dovelas de piedra y las pilastras adosadas que los soportan. En los lienzos de los muros laterales se observan también "arcos de descarga" que fueron aprovechados para la ubicación de algunas ventanas a las que se encargó, sobre todo, colaborar en la iluminación interior del recinto. Los remates de esos muros laterales toman las formas curvas de las zonas de encuentro entre los paños verticales y las cubiertas.
El presbiterio, situado como es natural inmediatamente después del crucero, procede del mismo sistema de composición de espacios y de los mismos procedimientos constructivos. Como también su muro principal -el testero- fue dejado en piedra aparente, el efecto visual sobre el arreglo a modo de retablo infortunadamente se pierde. En esa zona, en efecto, se encuentra un mueble que aspira a reproducir, o a reinterpretar, las cargas simbólicas de un retablo: se trata de una propuesta de tres nichos terminados en arcos de medio punto y a los que remata una pieza de ascendencia presumiblemente gotizante. En el centro de esa pieza va la imagen del santo titular de la parroquia flanqueado por un ermitaño, al norte, y por el Sagrado Corazón de Jesús, al sur.
En esa misma zona del presbiterio se encuentran dos lienzos al parecer del siglo XVIII en los que se representa de dos maneras distintas a Nuestra Señora de Guadalupe. Se trata de piezas de mérito histórico y de innegable valor artístico a las que se debe, además, la suposición de que este templo proceda, en realidad, de una fundación anterior también de cierta relevancia.
