La capilla que prestó sus servicios a la hacienda de Zapotitán es una obra muy próxima al estado de ruina, condición a la que ha llegado después de por lo menos dos periodos de decaimiento. Independientemente de ello, sin embargo, el conjunto de elementos arquitectónicos que han sobrevivido reflejan la importancia relativa que llegó a adquirir la obra, tanto como capilla privada de la hacienda, en su primera época, que como el recinto religioso de la comunidad, cuando debió organizarse un poblado en los restos de la antigua unidad de producción.
La capilla ocupó el espacio designado en el extremo poniente del magnífico andador que señaló la fachada principal de la casa grande. Aquella galería fue resuelta en esquina, la además que limitó el patio principal de la finca, lo que hizo destacar a la capilla como eje central de por lo menos dos ámbitos de la misma instalación.
En marzo de 2009 la capilla se ha reducido a un pequeñísimo complejo de dos o tres espacios ubicados sobre un eje que va de sur a norte y del que poco se sabría de no ser que la torre de su campanario sobrevive montada sobre lo que fue la esquina suroeste de la propia capilla y de la casa principal de la hacienda.
Uno de los datos más interesantes de la capilla es que, a pesar de todo, funcionó y se encuentra en un piso alto, es decir, en un primer nivel, por arriba de una planta baja que ha sufrido una serie interminable de intervenciones y, sobre todo, de abusos provocados por el abandono. El estado general de esa planta baja, y muy probablemente de todo el conjunto de pequeños y medianos edificios se debe, sin duda, a la mala situación de la instalación productiva y a las disputas de los varios grupos que se consideran herederos de lo que tuvo que convertirse en pueblo.
La fachada principal de la capilla consta, como fue habitual más en las obras de las comunidades que en los edificios de culto de las haciendas, por una portada y el conjunto que integran el cubo y la torre del campanario. La fachada de acceso hace esquina con la fachada lateral que, sobre todo, fue lateral de los edificios sus asociados en la hacienda, de manera que, por su prominente situación, el recinto verdaderamente ha ocupado un sitio de la mayor relevancia en la población.
La portada del templo fue resuelta con un solo arco, de medio punto, prácticamente sin molduras y sin trabajos especiales de cantería o de argamasa. Visto desde lo que fue el interior del primer espacio de la capilla, el arco incluso parece no haber incluido aditamentos para el ensamble de las hojas de una puerta. Desde un punto de vista constructivo, el vano procede de la sucesión de piezas de cantera que se resuelven como dovelas desde el fondo del muro que hace la fachada. En la imposta y sobre la clave del arco aparecen, ésos sí, los elementos que más de fondo vinculan a la obra con la tradición de diseño y de edificación que caracteriza a la zona.
El cubo de la torre es una prolongación del paramento de la fachada y aunque parece separarse un tanto del fondo del muro, el cubo realmente fue terminado con un aplanado cuyas calidades fueron las mismas que distinguieron al complejo de la hacienda. La torre dedicada a alojar las campanas es de un solo cuerpo y un remate; es de planta cuadrada y sus caras fueron resueltas con arcos de medio punto flanqueados -y haciendo las esquinas- por pilastras adosadas a las que se acabó con estrías y cuyos capiteles soportan un sencillo entablamento que, empero, muestra todos los elementos que recuerdan las propuestas clásicas antes de resolverse con una pesada molduración acentuó los efectos de claroscuro que consagraron las obras construidas en la segunda mitad del siglo XIX en esta zona de Jalisco. Del remate de la torre sobrevive una base de planta circular que muy probablemente terminó en alguna bovedilla sobre la que se fijó la cruz que fue uno de los símbolos del pueblo por un periodo relativamente largo: el que transcurrió entre la etapa final de la hacienda, en los años de la década de 1930, y los primeros de la localidad sujeta a la jurisdicción del municipio de Jocotepec, en los años inmediatamente posteriores y desde luego anteriores a 1950.
La fachada lateral de la iglesia, que también es el paramento poniente de la finca, es una galería integrada por una tradicional sucesión de arcos que dio acceso a una serie importante de dependencias. Como todo en lo que fue una obra muy considerable, esa fachada se encuentra en mal estado si bien sus vanos ha sido tapiados con tabique, que es el mismo material con el que se resolvieron los espacios de ese lado. Quizá el mayor de los atributos de esa fachada se encuentre en su cercanía con el patio de caballerizas y de peones que ahora hace las veces de vestíbulo de la ruina.
