Posterior a la dedicación del altar de los reyes. el arquitecto Manzo a petición de los jesuitas fabricó ambos colaterales. El de San Francisco de Borja ocupa el muro sur, está formado principalmente por la entrecalle central, la cual se limita por dos altas pilastras estriadas. en el interior otras dos pilastras sostienen un frontón roto, rematado por una ráfaga y un medallón alusivo a la Virgen de la Defensa. Al centro un gran nicho con resabios barrocos que guarda en el interior la escultura de San Francisco Javier.
