El altar mayor de Actopan se compone de un ciprés colocado sobre un altar compuesto por una sucesión de seis gradas que disminuyen de tamaño en ascención piramidal. El ciprés es de columnas huecas de madera de pésima calidad siendo una lástima la destrucción del retablo anterior del que aún quedan restos. Remata con una bóveda de media circunferencia de madera. El ciprés contiene un estupendo Cristo. Este ciprés está flanqueado por un retablo en forma de biombo de media circunferencia con 12 columnas de capitel compuesto que sostienen un gran entablamento. A ambos lados del altar se alzan dos pilastras que sirven de base a las esculturas de San Francisco Xavier y San Francisco de Asís rematando en columnas truncadas con San Pedro y San Pablo.
Observaciones del bien mueble
Se encuentra en el presbiterio. Detrás hay resto del altar anterior del siglo XVIII que fue demolido y sobre éste se erigió el neoclásico.