El atrio está determinado por la naturaleza abrupta y protuberancias del terreno, mismos que impidieron un trazo regular. Este espacio se encuentra circundado por una barda del siglo XVI cuyo diseño original se perdió con la renovación que debió tener lugar en el siglo XVIII; por ello la barda está formada por arcos de radio muy amplios, entre los que se alternan catorce nichos de argamasa, para la oración del Vía Crucis.