La capilla abierta es uno de los elementos característico del siglo XVI utilizado por las tres primeras órdenes evangelizadoras. La de Atotonilco presenta la modalidad de ser elevada y de reducidas proporciones. Este elemento siempre fue interpretado entre los contrafuertes laterales por nuestros historiadores del arte, en donde aparece un balcón o gran tapanco a una altura mayor. Sin embargo, recientemente fue descubierta la inequívoca capilla abierta entre la puerta de la iglesia y la portería conventual. Está formada por un arco ligeramente rebajado sobre dos medias columnas toscanas. El espacio interior es suficiente para albergar el retablo y la mesa del altar. Detalles del interior de la Capilla Abierta. En primer plano la media columna que recibe el arquivolta. Su fuste es toscano. En la base y en el capitel se repite un anillo con flores góticas y el ábaco se decora por una sucesión de hojas en punta. El salmer nos muestra la decoración, que solamente conocíamos en Epazoyucan, consistente en una germinación en espiral rodeada de gran follaje.
