La capilla de san Juan Evangelista está compuesta por una estructura cúbica más alta que ancha, y está rematada por un techo piramidal alto y esbelto, lo que acentúa su verticalidad. La decoración es menos rica en comparación con las otras capillas posas.
Esta capilla es la única que está cerrada al exterior ya que, de las dos caras que miran al atrio, una se encuentra cegada y la otra presenta portón; en su interior se conserva un mutilado y saqueado retablo dorado y estofado, obra del siglo XVI, al que no se tuvo acceso.
