Se trata de una construcción cuyas primeras noticias datan del siglo XVI. Sin embargo, sus diferentes espacios describen la historia de su construcción en diversas etapas, por esta razón se ha fechado en tan extenso período de tiempo. Se trata de una composición de fachada muy limpia de decoración con una portada al estilo plateresco. Todos los elementos de esta propuesta recuerdan a las formas arquitectónicas del lenguaje renacentista y a las portadas que se construyeron en México en el siglo XVI.
"En 1557 surgió una agria rivalidad entre los franciscanos y los agustinos por el derecho a fundar un establecimiento en este importante centro de población, que contaba con más de dos mil tributarios. Los agustinos, ya establecidos cerca de Acolman, convencieron a los indígenas de Teotihuacán de que les construyeran un convento. Los indígenas rehusaron por temor a los gastos que suponía el carácter suntuoso de las construcciones de dicha orden. Al parecer se iniciaron las obras y los agustinos, para demostrar su posesión, pintaron e la portería frescos de os patronos, San Agustín y San Nicolás. Durante dos años, los indígenas se rebelaron contra e control agustino, hasta que les fueron adjudicados lo frailes franciscano residentes. La fundación formal realizada por los franciscano ocurrió en 1563. Para 1580, la Iglesia y el convento habían sido terminados y el establecimiento estaba habitado por cuatro frailes. Ponce encontró el convento pequeño pero completo con su iglesia. Un manantial dentro del convento suministraba un poco de agua, que era depositada en gran tanque, donde vivían algunos peces no comestibles."
Véase: Kubler, George; Arquitectura mexicana del siglo XVI, México, FCE, 1982, pp. 580
Con respecto al asentamiento en el que se ubica el edificio, otra referencia afirma "San Juan se desarrollará durante las primeras etapas de la colonia llegando hasta nuestros días gran parte de la trama urbana y varios monumentos, destacando su parroquia, que constituye la máxima referencia material e histórica de la población", más adelante "La parroquia fue desde su fundación el germen de un pueblo que se desarrollaría ya en tiempos de la colonia, en los siglos XVII y XVIII, como consecuencia de una serie de factores históricos favorables
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El asentamiento franciscano data de mediados del siglo XVI "Además de la afirmación episcopal se acentuó al no pasar a depender de la organización de los Agustinos, que con sus exuberantes sistemas constructivos tenían pasmados a los originarios de Teotiuacan, mismos que se dieron a la tarea inmediata de construir el convento, que será la primera parte del conjunto franciscano, posteriormente en el siglo XVII se constituirá la iglesia de planteamiento románico; peregrinaje y ascensión espiritual, la que sustituirá a la antigua capilla conventual; y por último se construirá la torre que enmarcará vigorosamente el conjunto y destacará la fe cristiana."
Por último, la orden franciscana funda este monasterio en el año de 1567, es fundado por Fray Miguel Navarro y se termina de construir en 1580. Para ese entonces vivían tres sacerdotes en él.
Véase: Cano Ramírez, Heberto; La parroquia de San Juan Bautista de Teotihuacan. México, México, Impresora Gráfica Tollocan, 1996.
La diócesis de Teotihuacán fue formada en 2008. Antes de funcionar como catedral este inmueble era la parroquia de San Juan Bautista
