Zacapu fue parte de la misión occidental de Michoacán, erigida como custodia de los Apóstoles San Pedro y San Pablo en 1536. Fray Jacobo Daciano construyó el convento del pueblo de Zacapu en 1548. Esta fundación franciscana no es, evidentemente, la iglesia que hoy vemos, que aunque conserva rasgos en la portada de los elementos característicos de la ornamentación de la región, es evidente que sufrió profundas modificaciones. El interior es un espacio de una sola nave, con muros iluminados por óculos ubicados en la parte superior del paño del muro. El techo es de viguería y el testero plano. También ha sufrido una profunda transformación el claustro del convento. Según documentos fotográficos, el claustro estaba organizado alrededor de un patio, con cuatro corredores delimitados por columnas sencillas sostenidas con zapatas de madera. Ahora se han colocado enormes y desproporcionadas columnas de cantera, imitando un claustro del siglo XVI.
