En el año de 1590, se estableció la Compañía de Jesús; primeramente ocuparon una ermita bajo la advocación de San Sebastián y ésta se encontraba en la Hacienda de San Juan de Dios, allí permanecieron hasta el año de 1616-17. Posteriormente los jesuitas levantaron su iglesia y su colegio con recursos que proporcionaron el maestre de campo D. Vicente de Saldívar y su esposa doña Ana Viñuelas, donaron la cantidad de 100 mil pesos. De esta cantidad se aplicaron 27,401 pesos para la fábrica del convento que se encuentra ubicada a un costado, (actualmente es el Museo Pedro Coronel), 8,000 pesos para la iglesia y el resto para el sostenimiento de la comunidad. Además de este donativo, los protectores de los jesuitas, dieron una considerable suma para ornamentos, retablos, servicio de altar y otros objetos. El templo ocupaba la fracción de una nueva iglesia que posteriormente se levantó de tres naves, dio servicio desde el año de 1617 hasta el principio de 1746 en que se derribó, para comenzar una nueva, que de forma rápida concluyó en el año de 1749, -la que actualmente conocemos como de santo Domingo- es probable que el dinero para la construcción de este nuevo edificio, "fuera levantado con fondos de la misma Compañía, atesorados con anticipación para este objeto, y las razones que se traslucen son éstas: fue terminada la obra en sólo tres años de trabajo, sin parar ni un solo día, y al mismo tiempo en que se emprendió la construcción de los colaterales y retablo mayor, que fueron colocados inmediatamente después de concluidas, sajharradas y banqueadas las bóvedas, para emprender sin pérdida de tiempo en su dorado...". Los siete grandes retablos y el pequeño dedicado a san Antonio de Padua que está bajo la bóveda del coro, están labrados en madera de cedro.
