En el año de 1650 existía una ermita dedicada a la virgen del Carmen ubicada en una huerta que pertenecía a don Diego de Melgar, en la actual ciudad de Guadalupe. Su esposa, ya viuda en 1676, otorgó la ermita con todo el terreno necesario para la erección de una capilla en honor de la virgen de Guadalupe cuya construcción se tenía proyectada en otro sitio. La obra comenzó en 1677 y se inauguró el 12 de diciembre de 1681. Más tarde en 1697 la ciudad quiso que se hiciera un convento, y para ello ofrecieron el santuario mencionado. Pero fue hasta 1702 cuando vino el padre Estévez, Comisario y prefecto Apostólico de Misiones de Propaganda Fide que juntó los informes necesarios y los llevó a Guadalajara donde se dio la aprobación de la realización de un colegio en forma como el de Querétaro, y hasta 1704 el rey Felipe V expidió la Cédula para su fundación. El Ayuntamiento donó un terreno grande para la edificación del convento y los mineros se comprometieron a financiarla por medio de sus limosnas. A cargo de la obra quedó el P. Fr. Antonio Margil de Jesús, que fue fundador de los colegios de Querétaro y Guatemala. Junto a él se encontraban Fr. José de Castro, Fr. José Guerra, Fr. Alonso González, Fr. Juan de Alponte y Fr. Cristóbal Gutiérrez entre otros, quedando así establecido el "COLEGIO APOSTOLICO DE PROPAGANDA FIDE DE NUESTRA SEÑORA DE GUADALUPE DE ZACATECAS", que a lo largo de todo el siglo XVIII fue aumentando su construcción. El P. Fr. Diego de la Concepción Palomar propuso levantar una capilla en honor de la Inmaculada Concepción, y en 1845 se le encomendó al P. Fr. Juan Bautista Méndez elaborar el plano para realizarla y estar a cargo de las obras. La primera piedra se colocó en 1849, y en 1863 murió su constructor. Hasta entonces se habían invertido 30,000 pesos. Para el año de 1865 se trasladó de la iglesia la imagen de la Purísima Concepción (llamada "Nuestra Señora de Nápoles") y se colocó sobre el ciprés, misma que en 1720 regaló la princesa Isabel de Farnesio, segunda esposa de Felipe V. Se colocaron las ventanas con vitrales traidos de Italia, se pusieron las bóvedas, arcos, frisos, paredes, bases y plintos, se construyeron los altares, se doró a fuego y se pintó de blanco y verde. En las paredes se colocaron ocho alegorías de la Inmaculada Concepción, inspiradas en las litografías de la letanía lauretana contempladas en la obra de Eduardo Barthe "Monumentos a la Gloria de María, Letanía de la Santísima Virgen". El trabajo lo realizó Juan Nepomuceno Herrera (1818-1878), en el período que va de septiembre de 1865 al mes de abril de 1866 quedando así concluidas las obras con un costo total de 80,000 pesos, aportando la mayor cantidad el P. Fr. Juan de Dios Llaguno con la donación de su herencia paterna. El pórtico de acceso a la capilla se colocó en el interior del atrio, data del año de 1876 y su costo fue de 2,500 pesos. Para los años de 1883 a 1885 se hicieron reparaciones muy necesarias, ya que filtraciones de agua amenazaban con arruinar la bóveda y otras partes. Se reconstruyó la cúpula y se hizo nuevamente el labrado con gran cantidad de láminas delgadas de oro martillado. Se construyó en el altar mayor una grada de mármol labrado en Puebla. El ebanista Juan Romo (1845-1914) diseñó el piso de mora, cedro, mezquite, fresno y caoba inspirado en modelos europeos. En el presbiterio y cruceros se colocó una barandilla de fierro niquelado, cromado y dorado, así como la reja de la entrada que ambas fueron hechas en Nu eva York. Finalmente, las pinturas de Herrera que se había dañado por la humedades sustituyeron en 1885 por ocho murales al óleo hechos por un indígena de Texcoco llamado Felipe S. Gutiérrez (1824-1904) egresado de la Academia de San Carlos. Dichas obras representan invocaciones de la letanía. Por la mala calidad de los materiales empleados se hizo en 1937 una reconstrucción nuevamente de la cúpula a cargo del P. Fr. Serafín Barragán. Desde entonces se han realizado otros arreglos menores y se tiene proyectado el cambio del azulejo de la cúpula. El estado de conservación de la capilla de Nápoles es preocupante. En el momento en que se visitó para este levantamiento, -1944- se vieron grietas en la cúpula que estaban afectando a la misma cúpula y por la humedad al piso. Este tiene zonas totalmente hundidas por donde ya no se puede circular.
