De acuerdo con los restos de retablo que se conservan en la portería del convento, la riqueza de este templo de san Francisco de Acámbaro debe haber sido importante. Sin embargo la transformación neoclásica modificó todo el interior barroco y de los retablos originales sólo quedan dos pequeños restos. Sin embargo y a diferencia de lo que ha sucedido en otros lugares este neoclásico del altar mayor de Acámbaro no deja de tener cierto atractivo. Está formado sobre una gran concavidad que marca el nivel de profundidad que alcanzará el retablo.
Sobre una ornamentada base alta, se desplantan los fustes acanalados de las columnas con un capitel que recuerda al dórico. Las dos calles laterales están limitadas por una columna de cada lado mientras que la calle central, se mayor profundidad está enmarcada por dos columnas también colocadas a diferente profundidad. En el centro de esta calle central está colocada la pintura con la Virgen del Refugio. Este cuerpo único remata con un friso con reminiscencias clásicas de alternancia de triglifos y metopas, sobre el cual se extiende un doble frontón triangular, partida la parte de adelante y completa la de atrás. Quizás el único punto discordante de este retablo sea el remate, formado por un nicho rodeado por dos roleos demasiado grandes, que inclusive tienen un color de cantera diferente y resultan visualmente molestos.
