De menor dimensión que el retablo central, el retablo de San Francisco de Borja está compuesto, como el anterior, de un gran primer cuerpo separado del remate por una cornisa de trazo recto. El primer cuerpo se halla dividido en tres calles, con la central mas ancha que las laterales. Cuatro pilastras adosadas marcan esta separación, a diferencia de las del retablo mayor, que son exentas. La cornisa divisoria sostiene en sus extremos dos volúmenes geométricos de formas trapezoidales, en tanto que en el centro, dos ángeles enmarcan un adorno semicircular del que salen dos roleos decorados, además, con hojarasca. En las entrecalles se ubican seis nichos, cinco en el cuerpo bajo y uno mas en el remate. El nicho del remate presenta un cortinaje como doselete, en el que destaca el rostro de un querubín, con granadas y flores que rodean el marco moldorado.
Observaciones del bien mueble
Ubicación: Muro izquierdo del presbiterio del templo de San Francisco Javier