Altar mayor, dedicado a la Virgen de la Merced, titular del templo y patrona de la Orden. Es un sencillo altar neoclásico, con dos pares de columnas de fuste estriado y liso y de capitel jónico. Entre cada columna, un nicho alberga esculturas, sobre las que se aprecian unos recuadros moldurados con pinturas. Al centro, la escultura titular. El remate se ve marcado por un entablamento con metopas, sobre el que descansa el remate propiamente dicho, coronado por un conjunto escultórico de la Santísima Trinidad.
