El sistema de iluminación de la iglesia está organizado por medio de ventanas abiertas en los lunetos de la nave, en los brazos del crucero, en el tambor de la cúpula y en el presbiterio. En total son 21 ventanas rectangulares y 3 óvalos. Son de manufactura francesa, comprados en Guadalajara en el siglo pasado en la casa Pellandini. Todos siguen el mismo esquema: una guarda geométrica y en el centro un círculo con símbolos cristianos.