El enorme conjunto arquitectónico del Ex Convento de Guadalupe está formado por un importante número de edificios, los cuales en la actualidad se encuentran en buen estado en general; se puede dividir, con el objetivo de su catalogación en cuatro elementos principales: El Templo de Guadalupe, La Capilla de Nápoles, La Portada Lateral del Templo y el Convento, actualmente Museo de Guadalupe. El sitio se encuentra en el centro histórico de la cabecera municipal del municipio de Guadalupe, a 7 km de la Ciudad de Zacatecas. El Convento comenzó a construirse en 1707 para albergar el Colegio Apostólico de Ntra. Sra. de Guadalupe de Zacatecas (Congregación Propaganda Fide de la Orden Franciscana), mismo que fue fundado por Fray Antonio de Margil de Jesús. El Colegio, que alcanzó una superficie total de 25 km², mantuvo su funcionamiento hasta 1866-1870 cuando los frailes se vieron en la necesidad de abandonar el Colegio. A partir de entonces, el inmueble tuvo diversos usos, desde cuartel militar, vecindad, fábrica de fósforos y hasta escuela. En 1872, se oficializa la donación del Gobierno Federal al estado de Zacatecas, destinando el conjunto a diversos usos de beneficencia, incluyendo la permanencia de religiosos. No fue sino hasta 1908, fecha en la que se suprimen los Colegios Apostólicos Propaganda Fide cuando fue clausurado definitivamente. En 1918, los claustros de San Francisco, de la Pasión y de la Chocolatería fueron declarados monumentos nacionales, y desde entonces funciona como museo bajo la tutela del Instituto Nacional de Antropología e Historia (INAH).
El atrio del templo cuenta con paredes almenadas con catorce nichos de viacrucis, al centro sur fue colocada la Columna de las Guadalupanas, que formará parte de la fuente del potrero o huerta grande. El atrio cuenta con dos ingresos: al poniente (la principal) y al norte (la lateral). Este espacio conecta el templo con el convento y la Capilla de Nápoles. La portada principal del templo (1721) es de estilo barroco atípico, ya que los elementos que la integran y la ornamentación así lo demuestran. La puerta de vano semi octogonal está flanqueada por dos columnas de cada lado con ornamentación fragmentada en tercios. Cuenta con esculturas alojadas en hornacinas, entre las que destacan la de Santo Domingo y San Francisco. La portada está enmarcada por cuadros irregulares, arco de cono truncado y remates en altorrelieve. En la parte superior de la portada, se encuentra el elemento más interesante de la portada: un altorrelieve con la interpretación de la imagen de la Virgen de Guadalupe, pintada por San Lucas el evangelista. Más arriba, destaca una cornisa moldurada que cuenta con una leyenda labrada en el friso
ornamentado, que dice: SACROSANCTA ET ROMANA LATERANENSIS BASÍLICA. El campanario fue edificado en 1721 de proporción más bien robusta, está rodeado por ocho columnas salomónicas y está rematado por una cúpula acabada en azulejos.
La estructura de templo así como sus acabados ha sido objeto, naturalmente, de varias intervenciones y ampliaciones. Comenzada en 1681, la intervención de 1721 tuvo como resultado la adición de los cruceros, otra bóveda al arco, del tambor y ventanales. El piso fue acabado con azulejos, mismos que fueron sustituidos por madera en 1883, hasta que el granito del piso actual
fue colocado en 1937. Los altares de cantera fueron realizados en 1849, mismos que sustituyeron los originales de talla. Al sur del templo se ubica la capilla oscura, en cuyo altar se encuentra una escultura del Santo Cristo de Acuña, de la autoría del escultor jalisciense Acuña. Otro elemento mueble e gran valía es la imagen de Ntra. Señora del Carmen, que se encuentra del lado de la sacristía, frente a la imagen de Santa Gertrudis. El altar principal, dedicado a la Virgen de Guadalupe se estructura con tres columnas jónicas de cada lado, mismas que rematan en una
cornisa moldurada. La parte superior del retablo está dominada por una imagen tridimensional policromada del Espíritu Santo.
