La Inspección Ocular nos dice: ... La capilla del hospital es la menos aseada y capaz, y las ruinas a ella vecinas, manifiestan hubo en otro tiempo formales enfermerías, y demás piezas conducentes a la curación de los enfermos, de las que hoy solo queda una ruin casa con el nombre de Semanería....
La capilla del Hospital de Tzintzuntzan se ubica a un lado del templo principal y del opuesto al claustro, sigue la tradición francíscana de Michoacán de atender a la Huatápera como lugar de asistencia y gobierno indígena bajo la tutela de la Inmaculada Concepción, siendo ésta su sede o Iuritzio.
El atrio está compartido con la iglesia a través de su portada lateral y lo que fueron las antiguas crujías de la Huatapera, tiene su propio acceso y campanario exentos, éste último de planta cuadrada de cal y piedra sostiene mediante anchos pilastrones esquineros la techumbre de vigas y teja albergando una solitaria campana. De la Huatapera se consevan un par de habitaciones de adobe con cubierta de madera y teja, muy modificadas y sin uso, junto a las ruinas de adobe del hospital.
La cruz atrial se ubica entre el acceso al atrio y la capilla, está desplantada sobre una peana escalonada en cuatro niveles de planta octagonal.
La nave es de un solo cuerpo de ábside plano y gruesos muros que soportan viguería con tablones colocada perpendicular al claro y con una separación que indica claramente el desconocimiento de los vestígios originales. La cubierta es de tijera a tres aguas con teja en el exterior.La portada simula un alfiz de piedra enmarcando un arco de medio punto con molduras tanto en el intradós como en el extradós, algunas de las dovelas de la arquivolta presentan tallas floridas. Está apoyado sobre pilastras entableradas de capitel toscano.
El paramento frontal muestra vestigios de pintura al fresco con un grutesco en colores almagre sobre el cual se alcanza a ver un ángel.
En el muro absidal está el altar barroco de columnas estípites hecho en cedro con estuco en blanco y sobredorado, formado por dos calles laterales de dos cuerpos que alguna vez tuvieron pinturas y una calle central con un nicho vacío mostrando el hueco en la predela para el sagrario. Se sostiene precariamente sobre una base de mampostería con rodapié almagre.
En la arquería se ve la fecha 1619 en que posiblemente se aumentó la dimensión de la capilla para convertirla en un elemento cerrado, agregándose una portada que recientemente se reubicó en el acceso norte del atrio. Al frente se construyó en el siglo XVIII un pórtico de triple arcada con arcos de medio punto de extradós tablerado soportado por columnas cuadradas con tableros en cada una de sus caras. Sobre el central se ubicó una venera flanqueada por el sol y la luna; y sobre los riñones exteriores del arco otras de menor tamaño. El paramento es de sillarejo y se refuerza en los extremos con cuatro contrafuertes, que enmarcan los dos arcos de los costados.
El conjunto de capilla y arcadas está ubicado en lo alto de una escalinata de fuerte reminiscencia prehispánica, la cubierta es de madera y teja y los muros de cal y canto aparentes.
