El inicio de la iglesia dedicada a Nuestra Señora de Guadalupe es, como casi todas las de esta advocación, originado por una reafirmación de la fe hacia la que, desde un principio, fue considerada la Patrona de México, en busca del apoyo para los creyentes durante el cisma provocado por la secularización de bienes, provocada por la Ley Lerdo (Juárez) y las Leyes de Reforma. La Diócesis Zamorana impulsó la construcción de templos dedicados a su culto en un afán de continuar edificando inmuebles religiosos con el apoyo de la feligresía. El sitio escogido fueron los terrenos baldíos que, inicialmente, habían albergado las ruinas del exconvento franciscano. Las obras iniciaron bajo la protección del obispo Cázarez, siendo entonces el encargado de la capilla el presbítero Esteban Méndez, en el año de 1894, concluyéndose dos años después. La disposición de la planta es paralela a la calle, debido a que el resto del predio estaba ocupado por el exconvento franciscano, por lo que el acceso es lateral y el elemento más interesante es el inconcluso pórtico torre de la entrada principal.
La portada en la fachada principal nunca fue concluida, ya que los conflictos revolucionarios y la persecución religiosa, que en Zamora alcanzó severas proporciones, no permitieron su culminación, por lo que solo se hizo el primer cuerpo de lo que sería una torre pórtico que remataría precariamente en cuatro almenas, que realmente consisten en las basas del cuerpo superior que, en un principio, conformarían la torre-pórtico del campanario. La base del segundo cuerpo está desplantada hasta un metro de altura y pueden verse las columnillas que lo ornamentarían. La portada se desfasa hacia el frente y está compuesta por gruesas columnas que crean un vestíbulo, abriéndose en ambos lados con arcos apuntados. Se delimita por un arco de ojiva que desplanta sobre un entablamento que corre hacia el interior del acceso, el cual se abocina en cuatro paños que se remeten secuencialmente y fingen apoyarse en pilastras entableradas de capitel anástilo. En el tímpano formado entre el arco y la cornisa de remate se encuentra una flor trebolada, realzada en piedra, de diseño francamente ecléctico.
El campanario se reduce a un marco de tubos de los que penden dos campanas. La nave está delimitada por gruesos muros de adobe recubiertos con mezcla terciada y falsos elementos de granito que imitan cantera. Es rasa, rectangular, con ábside plano; se entra a través de uno de sus costados. En este último está un altar de mármol con la imagen de Santa María de Guadalupe; es de diseño reciente y de buena factura, aunque de poco interés artístico. A la derecha del mismo está una puerta metálica que conduce a la sacristía. Los muros longitudinales se dividen en cuerpo mediante pares de columnas trilobuladas que enmarcan nichos coronados por arcos tipo mezquita, en donde se ubican imágenes de poco valor; los cuerpos intermedios están ocupados por vanos ciegos de ojiva con carpintería de buena calidad.
La cubierta, por el interior, está dividida en cuerpos mediante arcos fajones de doble cercha, por lo que pudiéramos llamarla encamonada. Entre los arcos se encuentran bóvedas de arista hechas con duela, que en los muros albergan ventanas trilobuladas. Por el exterior, la techumbre es a dos aguas y el recubrimiento de teja de barro. Al pie de la nave está el coro plano, seguramente hecho con losa y trabes de concreto; se delimita con un barandal de buena clase, hecho en madera. Al fondo del mismo se encuentra un pequeño órgano de flautas que data del eclecticismo.
Los anexos fueron ocupados para escuela de Artes y Oficios después de habérsele quitado a la iglesia, ya que en 1932 se hizo una denuncia ante las autoridades hacendarias en la que se indicaba que todos los locales estaban siendo ocupados como dormitorio para los alumnos del seminario. Las medidas de Hacienda fueron limitadas por los vecinos, obligándose a dejar el espacio religioso como tal, mientras los anexos se destinaron a escuela, que actualmente se encuentra recién restaurada.
