Tiene una disposición de una sola nave, resuelta con una bóveda de cañón corrido y cúpula apoyada en un tambor octagonal sobre pechinas, que se levanta sobre el presbiterio, el cual es el ábside. La nave es muy alta, como también lo es el coro; tiene dos accesos, uno principal y otro lateral, siendo este el de mayor uso.
El mismo ábside sirve de respaldo a la capilla de Belén, a la cual no hay ingreso desde el interior del templo, sino desde su propia portada y coro, así como por una entrada lateral.
La volumetría de esta disposición da como resultado un espacio atrial de muy buen tamaño para ambos templos.
Los betlemitas se establecieron en Oaxaca. Su instituto sería uno de los centros asistenciales fundados y atendidos por el clero regular y secular; funcionarían hacia el último tercio del siglo XVII, tras tomar posesión del antiguo templo de Guadalupe los frailes llegados del Hospital de México. Entre 1685 y 1686 se iniciaron las obras de un nuevo templo. Confirmados como orden regular en 1687, los betlemitas consiguieron que el obispo Sariñana bendijera la iglesia en 1707.
En 1807 el templo anexo de Belén fue construido con fondos de don Manuel Capitán, formando una escuadra con el de Guadalupe.
Ambos edificios sufrieron daños por los sismos de 1801 y 1807, y los vecinos promovieron su reconstrucción.
Hacia 1884 el conjunto se encontraba nuevamente en pie, tal como lo conocemos actualmente. de nuevo fue destruido y se hizo cargo de la restauración el obispo Guillaw.
Templo de Guadalupe y Capilla de Belén.
La portada está fabricada con cantera verde. En el primer cuerpo tenemos la puerta de acceso, que está formada por un arco de medio punto; a los lados, pilastras de fuste plano y un capitel corrido que une las dos, formando un cornisamento, que es de donde se origina el segundo cuerpo, donde al centro tenemos una ventana de forma lobulada que ilumina la zona del coro; esta se encuentra enmarcada siguiendo la misma forma lobulada.
A los costados tenemos pináculos, que son los remates de las pilastras que vienen del primer cuerpo.
En lo que debe ser el tercer cuerpo existe una hornacina vacía que se encuentra apoyada sobre una cornisa y, a los lados, en relieve, detalles flamígeros que son los únicos elementos que componen esta parte.
El cuarto cuerpo se compone de otra hornacina, más pequeña que la anterior, y a los costados tenemos pináculos que son los remates de las pilastras que vienen del cuerpo anterior.
Sobre este elemento tenemos un medallón con motivos relacionados con la orden y, para terminar, el imafronte en forma de roleos.
A un costado de la portada principal y haciendo escuadra, tenemos la portada del exconvento. Este lo forma un sencillo cuerpo, pero por los elementos que lo componen es más interesante: está formado por arco de medio punto con su clave, que contiene labradas tres coronas que corresponden a la orden betlemita; sobre el arco, una cornisa y, al centro, una peana que soporta un relieve que representa a la Sagrada Familia y, como protección, una concha también en relieve; a los costados, un par de pináculos y, sobre todo este elemento, un pretil curvo como remate.
Portada de la capilla de Belén.
Fabricada en cantera verde, se forma de dos cuerpos. El primer cuerpo lo compone el arco de medio punto y sus jambas con capitel toscano de la puerta de acceso principal; al centro, la clave del arco tiene tallada una figura en relieve que representa el monograma de la Virgen María; a los costados de la puerta, pilastras de planta rectangular y fuste con canaladuras de capitel toscano, que apoya un entablamento que termina su cornisamento, de donde inicia el segundo cuerpo. Al centro de él, en la parte baja, existe una inscripción en relieve de la construcción del inmueble; sobre esta y al centro, tenemos una ventana de forma octagonal que ilumina el coro; a los costados, un par de pilastras que vienen del primer cuerpo, su capitel es del estilo dórico, sobre el que se encuentra el entablamento con su arquitrabe decorada con motivos geométricos. Este elemento remata en una gran cornisa que va de basamento a basamento, de donde nace el imafronte, que es de forma triangular.
