Del actual Templo de la Concepción formó parte del extenso convento que, bajo esta advocación, fundaron en el siglo XVI las monjas Concepcionistas.
La fundación de esta Institución se cree que fue fundada en 1543 sobre unas casas que se modificaron para las necesidades primarias de las monjas. Posteriormente se les dotó de un solar para construir su edificio. En la larga historia en el convento intervinieron numerosos arquitectos. Se ha afirmado que uno de los más importantes que trazó la primera iglesia fue Claudia de Arciniega, y que esta primitiva iglesia puede ser el lugar que hoy ocupa el coro. La floreciente comunidad hizo pensar en un nuevo templo. Así, el hermano Jesuita Luis Benítez planeó el hacer dos plantas: una abovedada y otra techada con madera. Curiosamente la de madera salía más cara que la abovedada.
En 1624 el monasterio amenazaba ruina, por lo que se pensó construir uno más grande. Estas ampliaciones se concluyeron en 1655. Así durante el transcurso del siglo XVII, el templo sufrió gran cantidad de cambios, hasta que en el año de 1730, Pedro de Arrieta realizó una obra de trascendental importancia al abovedar todo el templo. Asimismo, a él se debe la creación de una cúpula. Este templo debió ser muy fastuoso puesto que el retablo principal fue diseñado por Gerónimo de Balbás, el gran ensamblador de los retablos de la catedral Metropolitana. Se sabe que en este retablo estaba la Inmaculada) (Concepción de plata donada por la Cofradía de los Plateros quienes tenían su sede en este templo. Sin embargo, esta ornamentación a finales del siglo XVIII al ser colocado en lugar del retablo de Balbás una obra neoclásica obra de Ignacio de Estrada. Para mediados del siglo XIX, poco antes de la exclaustración, el templo volvió a decorarse al estilo del siglo XIX perdiendo así todo el aspecto barroco del siglo anterior.
El templo tiene una importante torre construida en los cuerpos, con molduraciones, nichos y columnas adornadas, rematada por un cupulín y linternilla. Esta torre se encuentra sumamente inclinada ya que parte de su basamento está sostenido por un monumento prehispánico.
El eje de la nave se desarrolla paralelo a la calle y está dividido en seis tramos por contrafuertes; los dos primeros del lado oriente corresponden al presbiterio, en el cual se abren dos ventanas con marcos moldurados de cantera. En el correspondiente a la nave se ve un solo vano igual que los anteriores. Los siguientes entreejes los ocupan las portadas, siendo éstas similares; ambas
presentan un acceso a través de un arco poligonal enmarcado por uno de medio punto, en el que sobresale la clave decorada con adornos vegetales. La puerta todavía conserva sus hojas originales. Flanquean la portada columnas pareadas del orden corintio, asentadas sobre plintos. Un cornisamento remata este primer cuerpo.
En el segundo se abre una ventana central con sendos escudos laterales. La ventana está enmarcada por las medias muestras que sostienen el entablamento y un frontón triangular, cortado en la parte central para dar cabida al escudo del rey de España, quien era patrono de esta institución. En los tramos siguientes se alojaban los coros bajo y alto con sus respectivas ventanas. El crucero se sugiere por una importante cúpula sin tambor.
Fue declarado monumento el 9 de febrero de 1931.
Del primitivo convento se conservan restos de un compás y un tramo del claustro, así como las dependencias que usaban los sacerdotes. En la zona aledaña sobre la actual calle de República de Cuba se encuentran varios callejones que formaron parte de la traza de este enorme convento.
Es lo poco que queda junto con una parte del claustro y del compás del enorme convento de la primera fundación de las monjas Concepcionistas.
