La capilla formó parte del conjunto conventual de Cuitzeo hoy separados calle por medio. Es uno de los raros casos de capilla ó Iuritzio de planta de cruz que hay en el Estado, lo que fué la Huatapera está convertida en escuela, quedando el templo aislado con su torre, sacristía y atrio rodeado de un espacio jardinado que fué reducido a su mínima expresión al pasar a formar parte de la retícula urbana actual.
La capilla se ubica de cara hacia el poniente, Don Manuel Rivera Cambas nos dice: ... está situada en el cementerio de la parroquia, es pobre y tuvo algunos pequeños capitales para costear el culto... El cementerio ha desaparecido al construirse en 1882 el nuevo panteón. El atrio está rodeado de una barda de mampostería en forma de medios puntos invertidos, carece de cruz atrial y enmarca el pasillo de acceso con enormes casuarinas.
La fachada es señorial por su elegancia y factura, con pañería de sillar y mezcla de tepetate calizo, evidencía restos de color rojo almagre y crema; enmarcándola están las basas de la torre que presentan la colocación de las piedras de cal y canto sin escuadría provocándose un fuerte contraste.
La portada rebajada en cantera estucada y decorada al almagre, nos muestra un acceso de arco en medio punto con molduras acanaladas en el extradós apoyado sobre impostas toscanas y jambas tableradas sin basa; en la clave presenta una talla que rompe parcialmente el entablamento superior del friso con tablero sin decorar que está soportado por cuatro pilastras colocadas por pares en dos paños distintos flanqueando al arco de entrada.
Sobre la cornisa en saledizo del entablamento, alineadas a las medias pilastras se encuentran dos almenas, en la parte central sobre un basamento escalonado desplanta la ventana del coro enmarcada con molduras que siguen el diseño del entablamento; rematan en una cornisa con dos roleos encontrados que apuntalan un marco de jambas también molduradas con dintel en saledizo donde se ubica la Inmaculada Concepción. Hasta este nivel se delimita la fachada mediante un pretil moldurado levantándose a eje de la portada un imafronte triangular que alberga un escudo y la paloma del Espíritu Santo.
Dos faroles flanqueando la portada rompen la armonía del diseño.
A los lados de la fachada se observa claramente el adosamiento de los cubos para las torres, con la piedra colocada sin sillarejo a excepción de las aristas, posiblemente se pretendió construir las dos concluyéndose sólo la del poniente.
La torre es de dos cuerpos desplantados sobre un cubo liso que se corta por una cornisa al mismo nivel que la que remata la ventana coral, cortando así la altura y proporcionando el elemento nuevo adosado; el primer cuerpo con vanos de medio punto de extradós acanalado sobre impostas y cornisa en saledizo, se unen a columnillas exentas rematadas por pináculos; el segundo cuerpo, de vanos similares continúa las impostas hasta las esquinas, haciéndolo más achaparrado, un entablamento moldurado soporta el cupulín de gajos que remarca sus aristas con nervaduras que convergen en una base a la que le falta la cruz y se rolean airosamente formando una voluta.
El acceso a la torre es por el exterior y se ubica entre el basamento de la misma y un amplio contrafuerte, está construida en cantera con barandal de mampostería recubierto con mezcla de cal.
La nave es de planta de cruz latina de tres cuerpos cubiertos por bóvedas de arista desplantadas de impostas de moldura toscana con cú pula en el crucero; el presbiterio y los brazos laterales también se cubren con bóveda de arista al igual que el sotocoro. El cuerpo de la nave está pintado en azul con rodapié obscuro, únicamente el sotocoro conserva la decoración al falso fresco que debió tener toda la nave, con colores predominando el rojo y cintas enlistadas enmarcando los aristas de la bóveda.
En el cuerpo de la nave hacia el Oriente se encuentra una puerta tapiada con un Nazareno de pasta de caña, colocado sobre una burda mesa de madera.
Los arcos del crucero soportan la cúpula mediante pechinas con decoración del siglo XIX a la manera pompeyana con guirnaldas de flores y cenefas con guirnaldas; el tambor desplanta de entablamento clásico con triglifos y metopas simuladas, es cilíndrico y se ilumina mediante cuatro óculos ramatando con bóveda de casquete y linternilla a la que recientemente dañó un rayo, por el exterior tiene forma octagonal con las aristas reforzadas por pilastras que cargan una cornisa con dentículos sobre la que se apoya la cúpula con nervaduras en los bordes que se unen en un arillo que sirve de base a la linternilla con tambor decorado por columnillas en las aristas rematadas por pináculos sobre la cornisa y casquete con peana sobre la que está una cruz.
En el interior los cruceros carecen de altares quedando únicamente las ventanas, aún muestran vestigios de haber tenido derrames mixtilíneos en venera y bajo ellos, nichos horadados en el muro albergan aisladas imágenes.
El piso es de madera de gruesos tablones y cambia de nivel en el presbiterio que se extiende hacia los cruceros, delimitándose por la barandilla del comulgatorio bellamente tallada en balaustres barrocos policromados y estofados de concepción popular, haciendo juego con las andas de la Virgen. Ocupando el muro testero está un retablo con espléndidas imágenes de caña aunque de poco interés arquitectónico, por el exterior se apuntala con un doble arco botarel agregado para detener el edificio que se fractura por los hundimientos del terreno.
La sacristía, es una habitación rectangular cubierta con vigas y terrado que fué recientemente restaurada por haber colapsado dos vigas de la techumbre, se ubica al Poniente de la nave junto al crucero desde el cual se ingresa por una pequeña puerta.
