Actualmente con un pequeño atrio ya separado del resto de la fachada, de líneas simples, está constituida por un solo cuerpo con su esbelto ingreso en arco de medio punto enmarcado por un par de pilastras sosteniendo un entablamento de friso liso y enjutas lisas. En la parte superior se encuentra una ventana de forma elíptica. En los extremos laterales del muro liso de fachada se encuentran los contrafuertes de esquina adornados con roleos y el remate superior es una espadaña alargada de dos ventanas de forma piramidal.
La planta del inmueble es rectangular cubierta con losa plana apoyada en sus muros que tienen seis ventanas ovaladas para iluminación interior. La sacristía se encuentra tras el altar, de estilo neoclásico.
El ingenio más grande y poderoso del Virreinato en la Nueva España, fué el de San Antonio de Atlacomulco, propiedad de los Marqueses del Valle de Oaxaca, descendientes del conquistador Hernán Cortéz. Fué en 1645, según archivos, que Hipólito de Santoyo inició su construcción y posteriormente a fines del siglo la fundación de la Capilla de la Hacienda, dedicada inicialmente a San Antonio.
