Hacia la primera mitad del siglo XVIII, la Compañía de Jesús alcanzó una gran prosperidad económica. Esa prosperidad se basaba principalmente en la creación de una vasta red de haciendas agrícolas y ganaderas, ubicadas a lo largo y ancho de las tierras más fértiles de la Nueva España. Como se sabe, las haciendas y los frutos económicos que los jesuitas obtenían de ellas no eran un fin en sí mismos; su propósito era dotar a los colegios y misiones norteñas que la Compañía poseía de los recursos necesarios para su adecuado funcionamiento. La fundación de la Hacienda de la Concepción en 1745 encaja, pues, en ese esquema de funcionamiento. Sus recursos estarían asociados a los que producía ya la hacienda vecina de Xalpa, y entre ambas aportarían los necesarios para el funcionamiento del noviciado de Tepotzotlán, así como para cualquier otro destino que les asignasen los ignacianos.
Como fue común a las haciendas novohispanas, estas tenían como parte del conjunto arquitectónico una pequeña capilla o templo para los servicios religiosos de los empleados y trabajadores de la misma, así como de la población asentada hacia el interior de sus tierras. El templo de la Concepción, de una sola nave, consta de tres tramos: el primer tramo corresponde al coro y sotocoro; el segundo, a la nave, y el tercero, al presbiterio. Actualmente, la sacristía es perpendicular con relación al coro, pero originalmente lo fue con relación al presbiterio. La disposición original fue modificada en años recientes por el actual dueño de la hacienda, aprovechando unas obras de adecuación. Del mismo modo, la bóveda original, debido a su avanzado estado de deterioro, fue sustituida por una losa de concreto que descansa sobre los muros laterales (esta modificación no es adecuada en ningún sentido). La torre se yergue a los pies del templo.
El coro bajo y alto se divide por un piso de losa de concreto y barandal de herrería y madera. El acceso al coro es por una escalera que arranca a la altura de la nave.
