Por mucho tiempo se pensó que esta fue la primera capilla que se construyó en la ciudad, pero no hay nada que lo asegure, pues la actual capilla data del primer tercio del siglo XVII.
José Ma. Marroqui menciona que estaba dedicada a Santa Lucía y que, en su origen, perteneció a la Parroquia de Santa María la Redonda.
Se desconoce su función durante la primera época colonial, pero en el siglo XIX se destinó como depósito de cadáveres hasta 1893, cuando fue clausurada.
En 1897 iba a ser derribada y se salvó en ese entonces gracias al ingeniero Mateos Plowes, siendo utilizada como bodega. En 1908 se pensó nuevamente en demolerla, siendo salvada por la intervención del maestro Justo Sierra.
En 1927 la Dirección de Obras Públicas realizó una reparación al edificio para consolidarlo y, al año siguiente, se instaló en él una biblioteca.
Unos pintores, en 1970, efectuaron una nueva restauración, reutilizándola como biblioteca bajo el nombre de Francisco Javier Clavijero. La capilla es de planta hexagonal y su portada, que da al sur, está compuesta a base de un arco de medio punto, sobresaliendo las impostas y la clave; está flanqueada por pilastras de fuste estriado y capitel corintio, que sustentan un entablamento muy elaborado; las impostas están decoradas con relieve.
El remate de su portada consiste en un pequeño nicho, del que sobresale la peana con la escultura de Cristo con la cruz, enmarcada por pilastras estriadas con capitel dórico, las cuales sostienen un frontón triangular truncado en el que se encuentra un monograma mariano. Dos pináculos continúan y rematan los ejes de las pilastras. Remata finalmente esta fachada un copete de perfil mixtilíneo, sobre el cual descansa una cruz entre dos pináculos.
En los lados adyacentes a la portada aparecen dos óculos ochavados con sus marcos de cantera, sobre los cuales sobresalen dos gárgolas. La capilla está cubierta por una cúpula con lucarnas y linternilla, apoyada sobre la cornisa que remata los muros. Las aristas de los muros están reforzadas con pilastras de cantera rematadas por pináculos.
