Esta capilla se localiza en la parte norte de la diagonal que cruza la traza de noroeste a sureste. Se trata de una pequeña edificación que podía haber sido una capilla barrial inconclusa. Su ubicación dentro de la traza urbana nos permite pensar que corresponde a la segunda mitad del siglo XVI, cuando las disposiciones de Felipe II, instituidas sobre la experiencia de las reducciones llevadas a cabo por los agustinos, fue ensayada en las nuevas y reordenadas poblaciones morelenses. La dedicación corresponde al periodo, a la iconografía evangélica; la Magdalena tuvo especial afecto por el Señor, lo que ha dado motivo a diversas leyendas, pero sobre todo a una revaloración del amor cristiano que permitió que san Agustín, un profundo enamorado, articulara el cielo y la tierra bajo el pensamiento de la ciudad ideal, que fuera ensayada aquí por los padres agustinos.
El muro de la fachada es liso; la puerta de acceso está enmarcada por un arco de medio punto de gran tamaño, sin puerta. La fachada está rematada por una espadaña de tres vanos con arcos de medio punto, sin campanas, y un merlón del lado izquierdo y tímpano en la parte superior.
La capilla consta de una sola nave con bóveda de cañón corrido, con muro testero plano. El atrio de la capilla es de forma rectangular, con tecorral y sin bardas propias.
