Edificada por los frailes franciscanos a finales del siglo XVII, la construcción inicio aproximadamente en 1740, con las leyes de reforma el edificio es abandonado en 1859 por lo que entra en un periodo de deterioro hasta 1950 en que se retoma su uso original. Este templo era para la tercera orden franciscana formada por laicos.
Este templo se ubica en la parte sureste del complejo, cuenta con una portada muy sobria trabajada en piedra y cantera, está compuesta por tres cuerpos en el primero se observa el vano de acceso formado por un arco de medio punto flanqueado por medias cañas de orden compuesto, con el capitel decorado con guirnaldas, en la clave del arco se observa un alto relieve con una venera, la puerta principal del templo es de madera entablerada, a los costados de la portada se encuentran un par de ventanas que iluminan pequeñas capillas al interior, los cuerpos son divididos entre sí por cornisas y entrecalles, en el segundo cuerpo se aprecia la ventana del coro a manera de ojo de buey al centro, esta es flanqueada por pilastras de orden dórico, a los costados se ubican ventanas de menor proporción para iluminación interior, el tercer cuerpo constituye el remate, conformado por una frontón semicircular, sobre el cual se ubica un remate polilobulado.
La planta del edificio es de una sola nave, la peculiaridad de esta reside en su forma caprichosa a manera de elipse, la techumbre de todo el templo es resuelta por medio de una bóveda de cañón corrido. En el presbiterio, en el muro testero se encuentra un retablo, de estilo neoclásico, conformado por columnas jónicas, nichos y peanas, dedicado a la Virgen de la Purísima
Concepción, a los costados de esta se ubican imágenes de San Francisco y San José, coronando el retablo la imagen de Jesucristo, en los muros laterales de la nave se observan los misterios, además de estar intercalados con pinturas que representan las etapas mas distintivas de la vida de San Francisco.
