La capilla original fue demolida en el siglo pasado, reconstruyéndose posteriormente. Recientemente volvieron a reconstruirla, recolocándose elementos de las anteriores edificaciones. Se atravesó con una calle el predio, aislándolo de la cruz.
Dice don Manuel Rivera Cambas que en 1540 fray Juan de San Miguel, el ilustre franciscano, fundó Uruapan, que don Manuel calificó como "...el pueblo más hermoso de Michoacán..." e informa que el fraile franciscano remontó lo más intrincado de la sierra para reducir a los indios que habían huido aterrados por el sacrificio del Caltzontzin a manos de Nuño de Guzmán: "...escogió el sitio para fundar a Uruapan, trazó la plaza, las calles y huertas... Al término de cada calle levantó una capilla, de tal manera que quedaban enfrente unas de otras, diole a cada barrio la suya y las habilitó de órgano, buenas esculturas, paramentos sagrados y de todo lo necesario para el culto... condujo gran número de colonos a la nueva fundación...".
Estas capillas de barrio eran el centro de reunión de los indígenas de los diferentes pueblos que fueron agrupados para la "reducción" en 1540, lo que los convierte en originarios comunes de distintas partes cercanas a Uruapan y, por lo mismo, poseedores de raíces comunes de gran arraigo en la ciudad.
La capilla de la Magdalena se encuentra ubicada en el barrio del mismo nombre; en ella, el tiempo y el afán de modernización han cobrado su tributo, destruyéndose la primitiva construcción. Frente a ella atraviesa hoy una calle, segregando el atrio y dejando en el lado opuesto una peana piramidal sobre basa cuadrada que soporta una cruz de brazos foliados, único vestigio de la antigua capilla.
La iglesia ha sido reconstruida en su totalidad siguiendo un horrendo diseño; únicamente subsisten de la construcción inicial dos pequeños nichos con arco de medio punto sobre impostas y pilastras, que forman un solo elemento al integrarse con la repisa moldurada que le sirve de base. El arco de medio punto que conforma el acceso se compone de jambas molduradas sobre basas lisas e impostas, de las que desplanta un arco semicircular formado con cortas dovelas también molduradas en media caña por el extradós, que data del siglo XIX.
