Su fachada se puede dividir en tres cuerpos y estos, a su vez, en tres ejes. En el eje principal, se localiza una puerta ochavada flanqueada por cinco columnas de orden compuesto en cada lado. Dos pares de estas cinco columnas son pareadas y en los intercolumnios se localizan nichos que contienen las representaciones de San Pedro, San Pablo, San José y San Juan Bautista. También se localiza un nicho en la entrecalle del par exterior con la quinta columna la cual se adosa al muro. Estas columnas se asientan sobre plintos moldurados y entablerados, y rematan en una cornisa y un friso corrido que dividen el primer y segundo cuerpo, mismo que se desarrolla en igual forma que el primero, sólo que en el lugar de la puerta se encuentra un alto relieve que muestra a Juan Diego con la tilma, Fray Juan de Zumárraga y Sebastián Ramírez de Fuenleal. Este relieve está rodeado por una cornisa con acodos que hacen la vez de marco.
El tercer cuerpo se remata con un copete formado por un muro mixtilíneo y dos chapiteles a los lados. En él se localizan seis remates piramidales de formas barrocas que sirven de marco a un reloj (el espacio que ocupa el reloj debió ocuparlo el escudo del rey de España reinaba en el tiempo que de la construcción del templo). En los otros dos ejes laterales se localizan sendas puertas con cerramiento ochavado soportado por pilastras entableradas. En el segundo cuerpo, sobre las puertas hay dos grandes ventanales cerrados por arcos escarzanos y enmarcados por una comisa. Los paños de estos ejes son rectos y están recubiertos de tezontle, dando realce a la portada principal.
El edificio cuenta con cuatro torres de planta octagonal de las que vemos las dos frontales. Cada torre a su vez se divide en tres cuerpos, el primer octágono asciende hasta la altura del templo y se divide del siguiente por una cornisa.
El segundo cuerpo, donde están colocadas las campanas, es de igual forma, y el tercero y último están rematados por una bóveda de media naranja coronada por una linternilla y una cruz.
Éstos dos últimos cuerpos no están revestidos de tezontle, sino que están aplanados; sin embargo las cornisas y las columnillas son de cantera.
