Aquí se ubicó el convento de San Juan de la Penitencia, construido entre 1519 y 1649. Primero existió una ermita fundada por fray Pedro de Gante para ayuda de la parroquia de San José. Años después quedó sin uso y los indios de aquel barrio de Moyotla labraron allí, junto a un hospicio para forasteros, en cuya forma duró hasta 1591. Ofreciéronlo entonces para hacer monasterio, lo que, admitido por el virrey, se puso en práctica, saliendo a establecerse en las casas y ermita de San Juan de la Penitencia el 18 de julio de 1593, cuatro religiosas de Santa Clara, que, junto con otras ocho que se transfirieron el año siguiente, completaron el número de doce fundadoras. La iglesia vieja y de mala fábrica se arruinó en un terremoto; se hizo nueva con limosnas y la completó don Juan Ontiveros, dedicándose el 30 de enero de 1649.
La iglesia que se conservó hasta principios del siglo XX fue la segunda que en el XVII hubo en ese sitio. En la iglesia de principios del XVII (la del hospicio) trabajó Juan Salcedo de Espinosa. Dato interesante es el de la donación de 60 mil pesos que Juana Oliva de Villaseñor dio para la segunda iglesia (la de las monjas), como consta en la escritura ante Martín del Río, hecha el 16 de septiembre de 1694. En 1695 se puso la primera piedra para esta nueva construcción, que se estrenó en 1711. Los retablos de esta época fueron realizados por artistas de la talla de Jacinto Nadal y Lluvet, ensamblador y dorador catalán, quien fue socio de Antonio Maldonado y retablista en Atlixco a fines del siglo XVII.
Esta iglesia fue "renovada" en 1862. Se renovó totalmente, con torre de tres cuerpos, doble portada con arco de medio punto y una nave con cúpula, coro y sotocoro. Resulta asombroso que, en plena época de la exclaustración, las monjas liquidaran los retablos y las decoraciones barrocas; queda claro que lo que no hizo la Reforma lo hizo el clero. La reja del coro de monjas fue notable obra de fundición de hacia 1862. Cuando la iglesia fue demolida para levantar la del Buen Tono, el doctor Aureliano Urrutia la recogió y la puso en un hospital de Coyoacán; luego se le trasladó al Castillo de Chapultepec. Por disposición absurda, se puso una copia a la entrada de Chapultepec, donde puede ser admirada desde el Paseo de la Reforma, entre dos leones de bronce que se rescataron del Palacio Legislativo, cuya construcción interrumpió el estallido de la Revolución.
Cerca de 1911, la empresa Pugibet adquiere el inmueble con el fin de construir un teatro-cine, pero al fin hace demoler el templo y construye el actual. La nueva obra se inauguró en 1912 bajo la advocación de Nuestra Señora de Guadalupe y, al clausurarse la fábrica de cigarros, se abrió al público. Ha tenido tres capellanes desde entonces: Gregorio Araiza (1912-1938), Manuel Anzures (1938-1967) y Xavier González (1967). Se destinó a experimentaciones litúrgicas (1967) y capacitación del elemento laico.
Los bellos vitrales que posee corresponden a Santiago el Menor, san Bartolomé, san Pablo y san Andrés en un costado; en el otro, san Lucas y san Marcos, san Pedro, Santiago el Mayor, san Juan, santo Tomás, san Mateo y san Felipe. El sotocoro presenta tres vanos y, al fondo, se encuentra un óleo del siglo XIX de san Juan Bautista. El órgano es un modelo de la casa Walker y data de 1912. En el ábside existe un mural que representa a la Virgen de Guadalupe coronada por la Santísima Trinidad.
El presbiterio cuenta con sitiales, ambón y pila bautismal. La fachada está realizada en cantería, la cual, en conjunto, manifiesta claramente el estilo ecléctico predominante en los inicios del siglo XX. La portada del acceso está enmarcada por dos grandes pilastras que envuelven a los contrafuertes de la nave. La decoración presenta elementos florales labrados en la piedra de cantera, así como una cenefa con motivos geométricos que delimita el entablamento del acceso. Un vitral tetralobulado remata en la sección superior al portón de acceso. El eclecticismo de la cúpula y de la linternilla es notorio y es acorde con el conjunto general.
Necesita mantenimiento principalmente en los acabados de escayola. Su uso es el adecuado.
