No se tienen datos de la ermita de San Sebastián, construida en 1582, pero la capilla en su honor, en el transepto del templo actual, podría corresponder a su ubicación original. La iglesia que hoy conocemos es una reconstrucción del primer santuario de principios del siglo XVII y fue iniciada en 1682 por el capellán don Fernando Méndez, con la autorización del virrey don Tomás Antonio Manrique de la Cerda, conde de Paredes y marqués de la Segura.
El padre Méndez contaba apenas con dos pesos al trazar la cimentación y, bien pronto, comenzaron las penalidades para conseguir fondos. Poco después, se hizo cargo del asunto la archicofradía de la Soledad, pero, hallándose esta sin recursos, nombró patrón de la obra al arcediano don Pedro de Otalora y Carvajal, quien aportó fondos de su peculio. Para la terminación, cosa que ocurrió en 1689 según la inscripción que está en el arco de la entrada, la consagración la hizo el obispo Isidro Sariñana y Cuenca en septiembre del año 1690, y el convento se concluyó en 1697, también gracias a la ayuda de Otalora. La portada principal y algunos detalles del interior se terminaron entre 1717 y 1718, con el apoyo del obispo Ángel Maldonado.
El arquitecto del convento, y posiblemente también del templo, fue el fraile betlemita Sebastián de San Phelipe, a quien también se debe el claustro anexo al templo de Guadalupe.
La disposición general del templo sigue la forma de una cruz latina, cuyo eje principal corre de oriente a poniente. La nave se desarrolla a lo largo de seis tramos, incluyendo el crucero y el ábside. El primer tramo corresponde al coro, que está cubierto por una gran bóveda más alta que el resto de la nave; abajo, el sotocoro está cubierto por dos tramos de cañones escarzanos con lunetos. El segundo, tercer y cuarto tramo de la nave están cubiertos por bóvedas vaídas provistas de linternillas.
El crucero es el quinto tramo; parte de cuatro poderosas pilastras en las esquinas, de donde surgen los arcos torales. Entre estos últimos y las pechinas se apoya un tambor octagonal, sobre cuyas caras se alternan ventanas y nichos; más arriba se eleva la cúpula octagonal gallonada y, de remate, una linternilla.
Los brazos son cortos y están cubiertos por bóvedas de cañón corrido de medio punto. El ábside repite otra bóveda vaída, sobre cuya superficie se ejecutó una decoración a base de yesería, donde se aprecia un motivo central y cuatro medallones ligados por entrelazos y adornos con formas vegetales.
Detrás del ábside hay un camarín cubierto con bóveda de arista.
Como detalle importante respecto de las dos portadas de la Soledad, es la elección de los materiales para construirlas: para las portadas se escogió una piedra color gamuza, más clara y también más apropiada para labrar sobre ella detalles finos, y para el resto de los paramentos y las torres de campanarios se escogió una piedra más verdosa.
La portada principal es una organización de cuatro cuerpos y siete calles, donde la calle central y las dos extremas ocupan el mismo plano del imafronte, mientras que de los cuatro restantes, dos van en planos oblicuos al frontal y las dos últimas quedan en posición esquinada, ocupando justamente el vértice donde el plano central cambia de dirección hacia los planos oblicuos.
En el primer cuerpo, el vano central de medio punto muestra una solución de haz de jambas que se prolonga en una arquivolta decorada con clave pinjante en forma de escudo; encima de este elemento hay una inscripción con la fecha de terminación de la obra y, más arriba, enjutas labradas con decoración vegetal. Diez medias columnas de fuste estriado y capitel toscano, que se apoyan sobre plintos decorados con rombos, separan las calles entre sí y soportan un entablamento con resaltos, donde las metopas, que alternan con triglifos, también están decoradas con motivos vegetales. El escalonamiento entre los cuerpos hace que las entrecalles esquinadas que flanquean al plano central desaparezcan en el primer cuerpo.
En las entrecalles sobre el plano oblicuo hay nichos con arcos poligonales, donde se alojan esculturas de San Pedro y San Pablo sobre las peanas; las entrecalles extremas llevan el mismo tratamiento, pero con figuras de San Agustín y Santa Mónica.
En el segundo aparecen siete entrecalles delimitadas por columnas con capiteles jónicos, que apoyan un entablamento con friso abultado. La calle central en este cuerpo la forma un panel rectangular enmarcado con molduras, en el que se representa a la Virgen al pie de la cruz; en las entrecalles laterales hay relieves de arcángeles sobre peanas; en las restantes aparecen esculturas sobre peanas y dentro de nichos con arcos conopiales.
En el tercer cuerpo solo continúan seis pilastras de las diez que lleva el primero y el segundo cuerpo, cambiando el orden de los capiteles; en este caso es corintio. Sobre los capiteles tenemos un entablamento liso con resaltos y una cornisa, sobre la cual se levantan pináculos, y la entrecalle central la ocupa el vano de la ventana del coro, con arco poligonal con detalles labrados en la clave; en las entrecalles contiguas hay relieves de la Magdalena y un arcángel.
Las que siguen llevan nichos con esculturas de San Cristóbal y Santa Bárbara sobre peanas. Los extremos preparan el remate; los tableros con imágenes en alto relieve están flanqueados por pináculos que rematan las columnas del cuerpo inferior.
En el último cuerpo tenemos únicamente la calle central; aparece en relieve la Asunción de María, por jambas de capitel toscano y un arco de medio punto, rematada por un frontón quebrado.
Los campanarios se localizan tras el imafronte, fabricados con piedra cantera verdosa.
La portada lateral parece haber sido ejecutada posteriormente; consta de dos cuerpos, el primero de tres calles y el segundo de una sola.
DESCRIPCIÓN de LAS PORTADAS DEL TEMPLO de NUESTRA SEÑORA de LA SOLEDAD:
Portada principal oriente.
La organización de esta portada es de cuatro cuerpos y siete calles. Es de señalar que en el mismo plano están ocupando la calle central y las dos extremas, que corresponde también al imafronte, mientras que las cuatro restantes, dos van en derrame y las otras quedan en posición esquinada.
El primer cuerpo está compuesto por el vano central de acceso, rematado por arco de medio punto, en donde se hacen presentes las jambas, las que se proyectan en una arquivolta decorada con la clave pinjante que representa un escudo. Una serie de molduras por encima de esta dan el espacio a las enjutas decoradas con elementos vegetales, bellamente labradas.
Sobre el pedestal decorado con rombos se apoyan diez medias columnas de fuste estriado y en el primer tercio liso, rematan en capitel toscano; estas separan las calles entre sí y soportan el entablamento con resaltos, encontrando triglifos y metopas.
En los planos oblicuos se localizan, entre las columnas, nichos con arcos poligonales, donde aparecen San Pedro y San Pablo sobre peanas.
En las entrecalles extremas, también arcos poligonales en los nichos, pero ahora son las esculturas de San Agustín y Santa Mónica las que descansan sobre peanas.
En el segundo cuerpo se marcan las siete calles, delimitadas por medias columnas; los fustes, en su primer tercio inferior, están ornamentados con entrelazos vegetales y el resto del fuste es estriado, coronados ahora por capitel jónico, y apoyan un entablamento con friso abultado decorado con entrelazos.
La calle central ocupa un relieve de muy buena calidad, de forma rectangular, enmarcado por molduras decoradas con motivos manieristas, cuatro acodos y cuatro claves; en el relieve se aprecia a la Virgen al pie de la cruz.
Aparecen nichos con arcos conopiales y peanas; empezando con las calles próximas al relieve, tiene arcángeles; las siguientes, un santo y una santa, y las extremas, con santos.
El cuerpo tercero solo tiene seis pilastras que ascienden; en la parte central desaparecen las dos entrecalles extremas. Los fustes de las medias columnas son tritóstilos y su capitel es corintio; el resto del fuste, de perfil salomónico. Sobre los capiteles corre un entablamento dotado de resaltos y una cornisa, en donde nacen pináculos.
El vano central de la calle de simetría corresponde a la ventana del coro, con arco poligonal, estando sencillamente enmarcado y una clave en la dovela central; a los extremos de este, en las calles contiguas, relieves de la Magdalena y un arcángel, enmarcados por discretas molduras; las siguientes calles tienen nichos de perfil orlado con esculturas de San Cristóbal y Santa Bárbara, apoyadas sobre peanas; las calles extremas ya empiezan la disposición del remate y los tableros con alto relieve de santos mártires, flanqueados por pináculos; encima de estos hay roleos y entrelazos.
El último cuerpo solo cuenta con la calle central, donde se tiene un relieve de la Asunción de María, enmarcado por jambas de capitel toscano y un arco de medio punto.
Dos robustas pilastras con fuste que tienen canaladuras perimetrales y entablamento liso, y más arriba emergen un par de perillones y un frontón quebrado; se complementa a los extremos con roleos finamente decorados.
Portada lateral sur.
Contiene únicamente dos cuerpos; en el primero de estos tiene tres calles, ocupando la central el vano que da acceso a la nave, en donde se enmarca por jambas, las cuales presentan canaladuras en su perímetro; se interrumpe por una molduración para dar lugar al arco de medio punto, que tiene el mismo tratamiento, y en la parte central se localiza una clave pinjante donde aparece la imagen de San Sebastián.
Cuatro pedestales con recuadros dan apoyo a un número igual de pilastras y capiteles fuera de serie, con forma de moño; soportan un entablamento liso con resalto en los extremos.
Sobre el arco, en ambos lados, aparecen enjutas lisas.
En las entrecalles extremas existen nichos con arcos de medio punto, los cuales dan alojamiento a estupendas esculturas de cantera labrada que representan a San Luis y San Antonio de Padua.
En el segundo cuerpo, que es de una sola calle, aparece un nicho central con una bella escultura de cantera labrada que representa a San José, flanqueado por pilastras muy sencillas, con fustes de tablero, y vuelven a aparecer capiteles de moños. Los roleos y pináculos en los lados complementan y dan el enmarque a esta portada, y corona un frontón quebrado como remate, el cual tiene en su centro una escultura de la Virgen de la Soledad.
